La variante Omicron del SARS-CoV-2 se separó de las variantes anteriores del SARS-CoV-2 como resultado de la evolución adaptativa, en la que las mutaciones beneficiosas se transmiten a las generaciones futuras a través de la selección natural, en lugar de la recombinación entre variantes anteriores, segúna un gran equipo internacional de investigadores El estudio, que se publicó recientemente en Naturaleza, es el primero en describir el perfil genómico de Omicron y explorar los orígenes de la variante.
"Hemos visto que el SARS-CoV-2 genera tres variantes principales, Alpha, Delta y Omicron, en aproximadamente 16 meses, lo cual es muy sorprendente porque otros virus no dan saltos evolutivos tan repetidos", dijo Maciej Boni,profesor asociado de biología, Penn State, quien dirigió el análisis de recombinación para esta colaboración global. "La última variante, Omicron, es extraordinaria debido al salto aún mayor que dio en la evolución de su proteína espiga".
Boni señaló que, en comparación con las variantes anteriores, la proteína de punta de Omicron tiene más de 30 mutaciones, muchas de las cuales se sabe que influyen en la neutralización de anticuerpos del huésped.
"Dado que Omicron dio un gran salto evolutivamente hablando, queríamos investigar por qué y cómo pudo haber sucedido esto", dijo.
Para hacer eso, el equipo, que fue dirigido por el Centro para la Respuesta e Innovación ante Epidemias en Sudáfrica, analizó las 686 secuencias de Omicron que estaban disponibles hasta el 7 de diciembre de 2021. Descubrieron que Omicron se encuentra dentro de la B.linaje 1.1, que también incluye la variante Alpha. Curiosamente, el equipo descubrió que Omicron es genéticamente distinto de Alpha, así como cualquier otra variante conocida de interés.
"Lo que esto significa es que aunque Omicron pertenece al mismo linaje que la variante Alfa, ha cambiado tanto que es en gran medida irreconocible como primo o sobrino de la variante Alfa", dijo Boni. "Cuando elEl genoma de Omicron se secuenció por primera vez, quedó claro que este virus tenía el potencial de ser fenotípicamente muy diferente de las variantes anteriores del SARS-CoV-2 con las que estábamos familiarizados".
Para determinar cuándo surgió por primera vez la variante de Omicron, el equipo utilizó una técnica llamada análisis filogenético bayesiano calibrado en el tiempo. Estimaron que la fecha en que existió el ancestro común más reciente de todos los Omicrons fue a principios de octubre de 2021.
Luego, el equipo aplicó un análisis de selección a las secuencias de 686 Omicron y encontró evidencia de selección natural positiva en muchos genes desde que la variante se separó de otros linajes B.1.1. "Este hallazgo llevó a nuestra conclusión de que la evolución adaptativa desempeñó un papel importanteen la aparición temprana y el establecimiento de Omicron", dijo Boni. "Este hallazgo sugiere que Omicron es probablemente el resultado de un proceso evolutivo que creó un virus altamente transmisible que evade parcialmente nuestras respuestas de anticuerpos".
Además, el hallazgo descartó la recombinación de variantes anteriores en el origen de Omicron.
"No encontramos evidencia convincente de que Omicron sea un recombinante de variantes anteriores del SARS-CoV-2", dijo Boni.
El equipo encontró que algunas muestras de Omicron mostraban evidencia débil de haber heredado material genético de un virus Delta, pero los análisis estadísticos no pudieron descartar la posibilidad aleatoria o pequeños errores de secuenciación como causas de esta curiosa señal de recombinación.
"Dada la información errónea reciente que sugiere que las variantes Omicron y Delta se han recombinado para crear una súper variante 'Deltacron', es importante tener en cuenta que tal recombinación es posible, pero actualmente no hay evidencia de que esto haya ocurrido",dijo Boni. "Además, si ocurre, no se sabe cuáles serían las propiedades de dicho virus en términos de su capacidad para transmitir y/o causar enfermedades graves, entre otros factores".
Con respecto a la transmisibilidad de Omicron, el equipo concluyó que la evasión inmunitaria parcial probablemente fue un factor importante de la rápida propagación de omicron en Sudáfrica dado que la proporción de la población sudafricana que era inmune ya sea por infección, vacunación o ambas estaba por encima60%.
"Esta idea de que Omicron puede evadir parcialmente el sistema inmunitario está respaldada por otros hallazgos recientes que muestran un mayor riesgo de reinfección por SARS-CoV-2 asociado con la aparición de Omicron", dijo Boni. "Ahora también sabemos que la carga viralde Omicron es mayor en personas infectadas, lo que también contribuye sustancialmente a su alta tasa de transmisión".
Boni señaló que la ola actual de Omicron es un recordatorio para todos los estadounidenses de mantener nuestras vacunas contra el COVID-19 lo más actualizadas posible.
"No podemos darnos el lujo de soportar otro año calendario con medio millón de muertes", dijo.
Otras instituciones representadas en el documento incluyen Lancet Laboratories, el Laboratorio de Referencia de VIH de Botswana Harvard, la Escuela de Salud Pública TH Chan de Harvard, el Grupo de Trabajo Presidencial COVID-19 de Botswana, el Servicio Nacional de Laboratorios de Salud de Sudáfrica, la Universidad de KwaZulu-Natal, la Universidad de Witwatersrand, la Universidad de Berna, la Universidad del Estado Libre, Diagnofirm Medical Laboratories, la Universidad de Edimburgo, la Universidad de Pretoria, Emweb bv, la Universidad de Ciudad del Cabo, la Universidad de Stellenbosch, Fundacao Oswaldo Cruz,la Universidade Federal de Minas Gerais, el Laboratorio NHLS Groote Schuur, el Centro Wellcome para la Investigación de Enfermedades Infecciosas en África, la Universidad de Temple, la Universidad de Oxford, el Ministerio de Salud y Bienestar de Botswana, el Laboratorio NHLS Port Elizabeth, la Universidad Walter Sisulu,el Laboratorio NHLS Tygerberg, el Hospital Académico Charlotte Maxeke de Johannesburgo, el Centro Clínico Infantil de Botswana-Baylor deExcellence, Baylor College of Medicine, Centro para el Programa de Investigación del SIDA en Sudáfrica, la Universidad de Botswana, PathCare Vermaak y la Universidad de Washington.
Fuente de la historia:
Materiales proporcionado por Estado de Pensilvania. Original escrito por Sara LaJeunesse. Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
referencia de diario:
Citar esta página:
Visita Nuevo científico for more global science stories >>>