Cuando los pacientes presentaron fiebre inexplicable en el Hospital Mwananyamala en Dar es Salaam, Tanzania, los científicos compararon dos métodos de secuenciación genética utilizados para identificar los posibles virus detrás de las enfermedades: VirCapSeq-VERT, un método desarrollado en el Centro de Infección e Inmunidad CII en la Escuela de Salud Pública Mailman de la Universidad de Columbia, y secuenciación imparcial de alto rendimiento. Ambos métodos arrojaron resultados similares. Sin embargo, VirCapSeq-VERT fue más eficiente.
Los detalles del estudio, el primero en informar sobre el uso de VirCapSeq-VERT en un entorno clínico, se publican hoy en la revista mSphere .
Los científicos utilizaron muestras de sangre tomadas de 12 pacientes ambulatorios considerados de mayor riesgo de tener infecciones virales no identificadas como la causa de su fiebre. La malaria se excluyó después de la detección con un panel de ensayos de diagnóstico. Ambos métodos de secuenciación comparados en el estudio identificaron secuencias genéticasdel virus del dengue, el virus del Nilo occidental, el VIH, el pegivirus humano y el virus de Epstein Barr. Sin embargo, la secuenciación imparcial de alto rendimiento requirió un procesamiento de muestras y análisis bioinformáticos más extensos y 20 veces más secuencias que VirCapSeq-VERT para lograr estos resultados.
VirCapSeq-VERT, una versión simplificada de secuenciación imparcial, hace referencia a una biblioteca de secuencias seleccionadas entre aproximadamente 2 millones de piezas genéticas, que representan todos los taxones virales que se sabe que infectan a los vertebrados. Estas piezas genéticas se utilizan para constituir una sonda, que se introduce juntomaterial tomado de la muestra que se está probando. Un proceso magnético "extrae" segmentos de la muestra que coinciden con la sonda; estos segmentos se analizan luego mediante secuenciación de alto rendimiento. Un estudio de 2015 informó que el método dio como resultado aumentos de 100 a 10,000 vecesen coincidencias virales en comparación con las pruebas convencionales de alto rendimiento.
Los investigadores reconocen que se requiere más investigación para determinar la causa de la fiebre en los pacientes de Tanzania, especialmente donde se detectaron múltiples genomas virales. En general, cuando VirCapSeq-VERT no produce un patógeno viral candidato, o si es bacteriano u otro parásitoNo se han excluido los agentes, los investigadores dicen que se debe considerar la detección imparcial de alto rendimiento.El equipo está validando conjuntos de sondas para bacterias, hongos y parásitos que se ensamblarán con VirCapSeq-VERT para crear una prueba para todos los agentes infecciosos.
"Cuando un paciente presenta fiebre, él o ella podría tener una de muchas infecciones", dice el coautor principal Simon H. Williams, BSc, investigador de CII. "Cuando no es práctico realizar pruebas para detectar infecciones, uno enEn un momento, la secuenciación imparcial puede ayudar a encontrar la aguja proverbial en el pajar. En nuestra comparación del mundo real, VirCapSeq-VERT fue tan sensible como la detección imparcial, pero requirió menos recursos para lograr el mismo resultado ".
"Ya sea en Tanzania o Texas, los médicos en todas partes están limitados por los recursos", dice Ian Lipkin, MD, director de CII y profesor de epidemiología John Snow. "VirCapSeq-VERT está demostrando ser una forma muy eficiente de arrojar luz sobre misterios médicospara que los pacientes puedan recibir el tratamiento que necesitan. Desde la perspectiva de la salud pública, nuestro método proporciona una forma rentable de monitorear las enfermedades infecciosas emergentes con el fin de orientar los esfuerzos de prevención ".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Escuela de Salud Pública Mailman de la Universidad de Columbia . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
Referencia de la revista :
cite esta página :