Gracias a la tecnología de secuenciación del genoma 'Nanopore' de vanguardia, los investigadores del Instituto Garvan de Investigación Médica y el Instituto Kirby en UNSW Sydney han desarrollado la estrategia de secuenciación del genoma del coronavirus más rápida en Australia hasta la fecha. El avance tecnológico tiene el potencial deproporcionar pistas críticas y oportunas sobre cómo se relacionan los casos de infección por SARS-CoV-2.
Los investigadores publicaron hoy una validación analítica y pautas de mejores prácticas para la secuenciación de nanoporos del SARS-CoV-2 en Comunicaciones de la naturaleza , que esperan que permita una mayor aceptación de la tecnología de secuenciación rápida para iniciativas de salud en Australia y en el extranjero.
"Cada vez que el virus SARS-CoV-2 pasa de persona a persona, puede cometer errores de copia que cambien un par de sus 30.000 letras genéticas. Al identificar esta variación genética, podemos establecer cómo se relacionan los diferentes casos de coronavirus -- saber de dónde se pudo retirar un caso y a quién se lo pudieron haber dado ", dice la coautora principal, A / Prof Rowena Bull, del Kirby Institute de la UNSW.
A / Prof Bull dice que las pruebas genómicas son cruciales para rastrear la transmisión del virus en los casos en que la fuente no está clara al investigar solo los contactos epidemiológicos conocidos.
"Al reconstruir la historia evolutiva del virus, o 'árbol genealógico', podemos comprender los comportamientos que ayudan a propagar el COVID-19 e identificar los llamados 'superpropagadores'", dice.
"Cuando se identifica un nuevo caso 'misterioso' de coronavirus, cada minuto cuenta. En Garvan, hemos reutilizado nuestras capacidades de secuenciación genómica para permitir un análisis rápido de un genoma de coronavirus en solo unas pocas horas", dice el autor principal, el Dr. Ira Deveson, Jefe del Grupo de Tecnologías Genómicas en el Centro Kinghorn de Genómica Clínica de Garvan.
"Nos ha encantado colaborar con los Institutos Garvan y Kirby para desarrollar velocidades incomparables de pruebas del genoma del coronavirus. Métodos rápidos como este proporcionan un camino a seguir, como una posible opción futura para el rastreo de contactos a través de estudios de transmisión genómica en tiempo real,"dice el profesor Bill Rawlinson AM, de UNSW Sydney y NSW Health Pathology Randwick.
"Este avance técnico es un testimonio de lo que es posible cuando la patología pública colabora con los institutos de investigación para un objetivo común", dice el profesor Sebastiaan van Hal, de NSW Health Pathology - Royal Prince Alfred Hospital.
Pioneros en genómica rápida
Identificar la transmisión del SARS-CoV-2 rápidamente es crucial. NSW Health Pathology ha colaborado con el Instituto Garvan y el Instituto Kirby para desarrollar capacidades más rápidas de secuenciación del genoma del SARS-CoV-2, lo que potencialmente mejora la capacidad de los trazadores de contacto para tomar medidas rápidas para poner en cuarentenay monitorear los contactos potenciales. Los investigadores de Garvan han perfeccionado los protocolos de las tecnologías Oxford Nanopore de vanguardia para secuenciar el SARS-CoV-2 en menos de cuatro horas. El Centro Kinghorn de Genómica Clínica de Garvan es la primera instalación en Australia en establecer y aplicar esteTecnología de nanoporos para la vigilancia genómica del SARS-CoV-2.
tecnologías emergentes de alta precisión
El método estándar de oro actual lee secuencias genéticas cortas de solo 100-150 letras genéticas a la vez, mientras que las tecnologías Nanopore no tienen un límite superior para la longitud de los fragmentos de ADN que se pueden secuenciar y pueden determinar más rápidamente la secuencia completade un genoma viral.
"Sin embargo, al igual que con muchas tecnologías emergentes, ha habido preocupaciones sobre la precisión de la secuenciación de Nanopore. Abordamos estas preocupaciones en nuestro artículo donde informamos los resultados de una evaluación analítica rigurosa de nuestros protocolos para secuenciar el genoma del coronavirus", diceDr. Deveson.
El análisis de los investigadores reveló que el método de secuenciación Nanopore es altamente preciso las variantes se detectaron con> 99% de sensibilidad y> 99% de precisión en 157 muestras de pacientes positivas para SARS-CoV-2 y proporciona pautas de mejores prácticas, que los investigadoresLa esperanza promoverá la adopción de la tecnología por otros equipos a nivel mundial.
Los investigadores dicen que la secuenciación de Nanopore incluso tiene el potencial de mejorar la vigilancia del SARS-CoV-2 al permitir la secuenciación en el punto de atención y mejorar los tiempos de respuesta para casos críticos.
"Los dispositivos Nanopore son más baratos, más rápidos, portátiles y no requieren la infraestructura de laboratorio que necesitan las herramientas genómicas de patógenos estándar actuales", dice el Dr. Deveson. "Esperamos que nuestra validación de este protocolo ayude a otros equipos de salud pública de todo el mundo a adoptaresta tecnología. "
La investigación publicada en Comunicaciones de la naturaleza fue apoyado por una Iniciativa de Investigación de Respuesta Rápida UNSW COVID-19, el Fondo de Investigación Médica Futura Investigator Grant APP1173594, Cancer Institute NSW y The Kinghorn Foundation.
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Materiales proporcionado por Instituto Garvan de Investigación Médica . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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