La evolución deja sus huellas, en particular, en los genomas. Identificar su influencia es un proceso laborioso, pero en el que el Dr. Jürgen Schmitz y su equipo de la Universidad de Münster se sienten cómodos. Hace cinco años, el equipohizo pública una aplicación web que puede comparar los genomas de humanos y animales y, por lo tanto, ayudar a comprender los desarrollos evolutivos. Los investigadores de Münster ahora van un paso más allá: su nuevo software, "2-n-way", puedecomparar cualquier genoma de y para cualquier persona y buscar sistemáticamente regiones que se caractericen por la presencia o ausencia de ciertas secuencias o, en pocas palabras, qué falta y en qué parte del genoma y cuándo se perdió o cuándo apareció de nuevoEsto hace posible reconocer relaciones entre especies o individuos. Los investigadores de Münster ahora han publicado detalles de su nuevo desarrollo, que, al igual que su predecesor, está disponible gratuitamente en Internet, en la revista Investigación del genoma.
Jürgen Schmitz, biólogo y zoólogo del Instituto de Patología Experimental de la Facultad de Medicina de la Universidad de Münster, dirigió el estudio junto con el Dr. Gennady Churakov y para él representa una "oportunidad única y vanguardista de observar de cercala mutabilidad de múltiples genomas”. Esto significa que no solo se pueden analizar las evoluciones del genoma, sino también la aparición de enfermedades genéticas como resultado de deleciones o inserciones, es decir, la pérdida de un segmento de ADN o la inserción de uno nuevo.La diferencia decisiva entre el nuevo modelo y su predecesor, GPAC, que se ha utilizado cientos de miles de veces desde que se activó, es que 2-n-way puede secuenciar cualquier número de genomas. "La herramienta es una respuesta a laera genómica moderna, y es una pieza de software que, a pesar de la complejidad detrás de ella, puede ser utilizada por cualquier persona, ya sea un laico no médico, un estudiante o un profesor. Por último, pero no menos importante, la herramienta vincula una muyamplia gama de áreas, como evolción, genética de poblaciones y medicina", dice Schmitz.
El término "2-n-way" se deriva de dos abreviaturas utilizadas por los especialistas: "2-way" significa la alineación lineal de las secuencias que se van a comparar; y "n-way" significa la combinación de componentes individuales y elposterior comparación múltiple. Pero los usuarios no necesitan conocer dicha información de fondo. "Solo tienen que descargar en Internet los genomas que desean comparar. Una fuente, por ejemplo, es el sitio web del Centro Nacional de Información Biotecnológica NCBIen los EE. UU. Los genomas introducidos en 2-n-way luego se alinean entre sí mediante el software. Los genes que son de particular interés se seleccionan de las "coordenadas" genómicas, o "loci", para darles su ubicación adecuada.término técnico: "La búsqueda puede orientarse, por ejemplo, a algunos o a todos los llamados genes saltadores, es decir, aquellos genes que han cambiado de posición en el genoma", explica Schmitz.
Si, por ejemplo, se realiza una búsqueda de ciertos genes saltadores en humanos, chimpancés o monos rhesus, los resultados se dan en una tabla con "más" y "menos". Si la evaluación contiene dos hallazgos y una brecha exacta en el rhesusmono, entonces la conclusión es que los humanos y los chimpancés heredaron el gen saltador de un ancestro común y, por lo tanto, están estrechamente relacionados, mientras que el mono rhesus todavía muestra el locus original sin ninguna inserción y, por lo tanto, solo está relacionado de manera lejana.solo indica si una determinada inserción está presente, sino también la región en la que se encuentra. Además de la tabla de correlaciones, 2-n-way también proporciona al usuario una lista de secuencias de ADN para todos los loci.
Aunque la nueva herramienta acaba de hacerse pública, el equipo de investigadores ya está mirando hacia adelante, trabajando en la simplificación de la creación individual de 2 vías, es decir, la alineación. "Este es un proceso que, en este momento, puede tomar mucho tiempo, lo que es un poco molesto", dice Schmitz. De lo contrario, comenta, la herramienta "ha sido probada intensamente y es absolutamente perfecta".
Fuente de la historia:
Materiales proporcionado por Universidad de Münster. Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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