Investigadores de la Universidad de Estocolmo y el Laboratorio Science for Life han desarrollado un nuevo algoritmo informático para analizar la función de los genes llamado BinoX, que se publicó electrónicamente en Nucleic Acids Research el 22 de septiembre Ogris et al., 2016a. El método, desarrollado porEl grupo de investigación del profesor Erik Sonnhammer asocia listas de genes derivadas experimentalmente y rutas conocidas. Lo hace de una manera nueva, empleando una gran red de genes y determinando si una lista de genes y una ruta tienen más enlaces de red de lo esperado, utilizando la distribución binomial.Este es un avance significativo con respecto a los métodos anteriores y, como resultado, BinoX ofrece una precisión sustancialmente mejor. En particular, la mejora en comparación con el método de enriquecimiento por superposición de genes comúnmente utilizado es enorme; se evaluó la sensibilidad para aumentar en más de 60 veces al mismo tiempo.tiempo ya que la tasa de falsos positivos se redujo a cero.
El artículo demuestra cómo se puede usar BinoX para encontrar muchas anotaciones de ruta biológicamente significativas para conjuntos de genes del cáncer y otras enfermedades, que no se encuentran con otros métodos.
"Creemos que nuestro nuevo método revolucionará la forma en que los investigadores realizan análisis de vías y generará muchos conocimientos funcionales nuevos. Las herramientas que se utilizan comúnmente en la actualidad se basan en el método de superposición de genes, que es muy limitado y poco fiable. A menudo no logra encontrar vías activadas, sin embargo, a menudo encuentra rutas incorrectas. La razón de esto es que aplica un método estadístico a datos muy escasos que violan sus supuestos estadísticos ", dice Erik Sonnhammer.
Para hacer BinoX directamente utilizable para otros investigadores, un servidor web público http://PathwaX.sbc.su.se Ogris et al., 2016b se creó para el análisis de rutas en línea de conjuntos de genes únicos, que aplica el algoritmo BinoX a todas las rutas de KEGG y redes FunCoup. La base de datos de la red FunCoup http://FunCoup.sbc.su.se de acoplamientos funcionales entre genes y productos génicos también fue desarrollado por el grupo de Erik Sonnhammer.Actualmente contiene redes completas para humanos y 10 organismos modelo.Por ejemplo, la red humana consta de más de 18000 genes / proteínas conectados entre sí con más de 4 millones de enlaces.
"BinoX funciona tan bien gracias a la alta densidad de las redes FunCoup, que hace posible encontrar muchos enlaces de red funcionales entre conjuntos de genes, incluso si no tienen genes compartidos. Esto da poder estadístico y hace posible encontrar estadísticamenteenriquecimiento significativo de la diafonía ", dice Erik Sonnhammer.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Universidad de Estocolmo . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
Referencias de revistas :
cite esta página :