La investigación en biología computacional a menudo se superpone con la biología de sistemas.

Los principales esfuerzos de investigación en el campo incluyen la alineación de secuencias, la búsqueda de genes, el ensamblaje del genoma, la alineación de la estructura de la proteína, la predicción de la estructura de la proteína, la predicción de la expresión génica y las interacciones proteína-proteína, y el modelado de la evolución.