Los científicos del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas NIAID, parte de los Institutos Nacionales de Salud, han desarrollado una plataforma en línea gratuita que utiliza un enfoque de crowdsourcing para hacer que los datos públicos de expresión génica sean más accesibles para los investigadores biomédicos sin experiencia en computación.Describen la plataforma, llamada OMics Compendia Commons OMiCC, en la edición en línea del 20 de junio de Biotecnología de la naturaleza .
Las bases de datos públicas contienen millones de perfiles de expresión génica: datos que describen el grado en que los genes se activan o desactivan bajo ciertas condiciones. Potencialmente, los científicos podrían reutilizar estos datos para generar y abordar nuevas preguntas de investigación. Por ejemplo, los investigadores podrían- proponer un conjunto de datos que compare muestras de sangre de personas tratadas y no tratadas con drogas para investigar los efectos del género en el tratamiento. Sin embargo, esta gran cantidad de información permanece en gran medida sin explotar para dicha reutilización de datos, en parte porque muchos biólogos carecen de la experiencia en programación de computadoras necesaria para la recuperación de datos, procesamiento y análisis. Además, las entradas de bases de datos públicas suelen contener datos brutos del estudio, que deben estructurarse para el análisis.
OMiCC tiene como objetivo utilizar técnicas de crowdsourcing para aprovechar la experiencia de la comunidad de investigación para superar estos desafíos. Dentro de la plataforma, los usuarios pueden crear grupos de datos de expresión génica y "anotarlos" asignando parámetros, como el tipo de muestra y la enfermedad, utilizandoun vocabulario estandarizado. OMiCC guarda estos grupos creados por los usuarios y las anotaciones asociadas, dejándolos a disposición de otros para su reutilización.
Dentro de OMiCC, los usuarios pueden agrupar estos grupos de datos y analizar información de múltiples estudios para buscar relaciones biológicas, un enfoque estadístico conocido como metaanálisis. Los científicos del NIAID anticipan que a medida que la comunidad de usuarios de OMiCC crezca, la plataforma se convertirá enun recurso rico que puede transformar las cantidades crecientes de datos públicos en nuevos conocimientos biológicos.
OMiCC está disponible en http://omicc.niaid.nih.gov . El sitio web proporciona videos y un tutorial paso a paso para ayudar a los usuarios a navegar por la plataforma.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por NIH / Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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