Los investigadores del Centro Médico del Hospital de Niños de Cincinnati han desarrollado una plataforma integrada y fácil de usar para analizar los "grandes datos" transcriptómicos y epigenómicos.
Reportando su plataforma en biología del genoma los científicos dicen que la nueva plataforma, llamada BioWardrobe, podría ayudar a los investigadores biomédicos a responder preguntas sobre biología básica y enfermedad.
La reciente proliferación de los métodos basados en la secuenciación de próxima generación NGS para el análisis de la expresión génica, la estructura de la cromatina y las interacciones proteína-ADN han abierto nuevos horizontes para la biología molecular. Estos métodos incluyen la secuenciación del ARN RNA-Seq, la inmunoprecipitación de la cromatinasecuenciación ChIP-Seq, secuenciación de DNasa I DNase-Seq, secuenciación de nucleasa micrococcal MNase-Seq, ensayo de secuenciación de cromatina accesible a transposasa ATAC-Seq y otros.
El gran volumen de datos obtenidos de la secuenciación requiere el análisis de datos computacionales. Sin embargo, la bioinformática y la experiencia en programación requeridas para este análisis generalmente están ausentes en los laboratorios biomédicos típicos, según los autores. Esto da como resultado la inaccesibilidad de los datos o retrasos en la aplicación de modernostecnologías basadas en secuenciación para preguntas urgentes en investigación básica y relacionada con la salud.
"Aunque los biólogos pueden realizar experimentos y obtener los datos, a menudo carecen de la experiencia en programación necesaria para realizar análisis de datos computacionales", dice Artem Barski, PhD, autor principal y profesor asistente en las Divisiones de Alergia e Inmunología y Genética Humana en CincinnatiChildren's. "BioWardrobe tiene como objetivo empoderar a los investigadores al cerrar esta brecha entre los datos y el conocimiento".
Andrey Kartashov, MS y Barski desarrollaron conjuntamente BioWardrobe para facilitar el análisis y la utilización de conjuntos de datos recientemente generados y disponibles públicamente.
"Grandes cantidades de datos publicados se han depositado en bases de datos públicas, como Gene Expression Omnibus o Short Read Archive, pero siguen siendo inaccesibles para la mayoría de los investigadores debido a la falta de experiencia en bioinformática", dijo Kartashov. "BioWardrobe permite a los biólogos analizar eldatos sin tener que aprender a programar "
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Materiales proporcionados por Centro médico del Hospital de Niños de Cincinnati . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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