A fines de 2019, un misterioso coronavirus, ahora llamado 2019-nCoV, comenzó a enfermar a las personas en Wuhan, China. Ahora el virus se ha extendido a al menos otros cuatro países, incluido Estados Unidos, y mató al menos a nueve personas..
Para monitorear cómo los virus como este se propagan y evolucionan en las poblaciones animales, los investigadores han estado utilizando la secuenciación de próxima generación NGS. Sin embargo, la vigilancia de rutina y a gran escala con NGS puede ser costosa y laboriosa. También puede faltar menosabundantes marcadores virales en la muestra del huésped. Estos desafíos han llevado a los genetistas a desarrollar estrategias basadas en NGS que son menos costosas y más eficientes.
Esta semana en mSphere , una revista de la Sociedad Estadounidense de Microbiología, un grupo internacional de investigadores describe cómo usar el enriquecimiento, una estrategia emergente de NGS, para monitorear los coronavirus, especialmente aquellos que se originan en los murciélagos. El NGS está "enriquecido" con sondaso cebos, que son pequeños fragmentos de material genético que se encuentran y se unen al ADN viral. Estas sondas sugieren una forma rápida de identificar dónde podría estar escondido el material genético viral.
En los conjuntos de prueba de muestras clínicas, las sondas identificaron con éxito los coronavirus, y los investigadores informaron que su enfoque aumentaba la sensibilidad y reducía los costos de secuenciación.
"No queremos declarar que el enriquecimiento es la panacea para todos los desafíos de NGS, pero en este caso, creo que es un paso en la dirección correcta", dijo Lin-Fa Wang, Ph.D., quien dirigePrograma de Enfermedades Infecciosas Emergentes en la Facultad de Medicina de Duke-NUS, en Singapur. Wang dirigió el estudio con Peng Zhou, Ph.D., un virólogo del Centro de Mega-Ciencia de Bioseguridad de la Academia China de Ciencias en Wuhan, China.
Los coronavirus en los murciélagos, dice Wang, son particularmente importantes para monitorear. Muchos investigadores creen que estos virus tienen el potencial de infectar a otras poblaciones animales, e incluso a las personas. El coronavirus que causó el brote mortal de SARS en 2003, o síndrome respiratorio agudo severo, está estrechamente relacionado con los que se encuentran en los murciélagos y probablemente se originaron con los animales. Lo mismo ocurre con los virus detrás de un misterioso brote de enero de 2020 en Wuhan, China, y el brote de 2018 del síndrome de diarrea aguda porcina, o SADS.reservorios conocidos del virus del Ébola, el virus de Marburg, el virus de Nipah y el virus de Hendra, a pesar de que generalmente no presentan síntomas.
"Los coronavirus, especialmente aquellos transmitidos por murciélagos, siguen siendo una fuente importante de enfermedades infecciosas emergentes", dijo Wang. Durante los tiempos libres de brotes, o lo que Wang llama "tiempo de paz", los investigadores pueden desarrollarfecha bancos de sondas asociadas con formas conocidas de coronavirus. Durante los brotes, o "tiempo de guerra", pueden usar esa información para rastrear la evolución de los virus y la propagación de infecciones, en poblaciones animales e incluso humanas.
Uno de los desafíos de usar NGS enriquecido es que "solo se encuentran los virus que conoce", dijo Wang. Esto se debe a que las sondas utilizadas para marcar los virus en el genoma de la muestra del huésped se derivan de secuencias previamente identificadas. Sin embargo, el coronavirus de murciélago,Como todos los virus, está cambiando constantemente. Si este enfoque va a ser útil para la vigilancia y el seguimiento de los brotes, dijo Wang, entonces la biblioteca de la sonda necesitará actualizaciones frecuentes.
"Para que el NGS de enriquecimiento sea realmente exitoso", dijo Wang, "debemos tratar nuestra biblioteca de investigación como una biblioteca viva. Esto será una búsqueda continua para nosotros". Él es optimista de que el trabajo dará sus frutos.
Para obtener más información sobre la nueva cepa de coronavirus, visite la página de Recursos de Novela Coronavirus de ASM 2019-nCoV: http://www.asm.org/Press-Releases/2020/nCoV2019-Resources
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Materiales proporcionado por Sociedad Americana de Microbiología . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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