Cambiar la forma en que se clasifican los microbios puede revelar similitudes entre los microbiomas intestinales de los mamíferos, según un nuevo estudio.
El estudio, publicado en mBio , propuso un método alternativo para clasificar microbios que proporciona información sobre la salud humana y ambiental.
James O'Dwyer, profesor asociado de biología vegetal en el Instituto Carl R. Woese de Biología Genómica de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign, es coautor del estudio financiado por la NSF.
Dijo que, a diferencia de muchos otros organismos, las especies microbianas son difíciles de clasificar.
Tradicionalmente, los microbios se clasifican mediante el uso de sus datos genéticos. Los científicos a menudo usan un método iniciado por Carl Woese que usa ARN ribosómico 16S para clasificar los microbios en unidades taxonómicas operativas, u OTU.
"Si eres lo suficientemente similar en identidad genética a otro organismo, te agruparás", dijo O'Dwyer. "El problema con eso es que realmente no sabemos qué tan cerca esa definición de una unidad corresponde a la ecologíadiferencias entre microbios ".
A veces, los microbios que están en el mismo grupo pueden parecer similares, pero en realidad pueden ser notablemente diferentes entre sí, dijo O'Dwyer.
Él y sus coautores propusieron un enfoque diferente para la clasificación que, en cambio, se centra en la historia evolutiva de los microbios.
Imagine tres especies separadas. Usando la clasificación OTU, estas tres especies pueden ubicarse en diferentes unidades según su información genética diferente.
Los investigadores proponen, en cambio, observar si estas especies tienen una historia evolutiva compartida. Si la tienen, posiblemente podrían agruparse en lo que O'Dwyer dice que es una "unidad más significativa".
O'Dwyer dijo que usar la historia evolutiva "nos ayuda a encontrar la aguja en el pajar".
Cuando los investigadores agruparon los microbios de esta manera, aprendieron más sobre los microbiomas intestinales de los mamíferos.
El microbioma intestinal es la comunidad de microbios que se encuentran en el tracto digestivo. Los científicos a menudo determinan las similitudes entre dos especies comparando las especies microbianas que se encuentran en sus microbiomas intestinales.
"Aquí encontramos que podríamos estar ocultando algunos de esos patrones de similitud al observar estas OTU que son demasiado detalladas", dijo O'Dwyer.
Cuando los microbios se clasificaron de manera diferente, encontraron patrones más claros de similitud entre mamíferos estrechamente relacionados, en términos de sus microbiomas intestinales.
A continuación, querían ver si se encontraban grupos específicos de microbios, o clados, en todos los mamíferos. Después de una serie de pruebas estadísticas, encontraron que algunos lo eran.
"Hay patrones entre estos clados conservados que se correlacionan con patrones en la evolución del huésped", dijo O'Dwyer.
Todavía no está claro exactamente cuál es esta correlación, pero O'Dwyer dijo que las investigaciones futuras pueden responder a esta pregunta.
"Espero que podamos resolver algunos de ellos, al menos obtener más evidencia de la causalidad de esas relaciones", dijo O'Dwyer. "Podríamos obtener una idea de por qué estas asociaciones entre clados microbianos particularesy sus anfitriones están allí ".
Dijo que comenzar con la unidad de especies correcta podría ayudar a futuras investigaciones, especialmente cuando se trata de aplicar este conocimiento a problemas de salud humana y ambiental.
"Queremos saber qué están haciendo los microbios en particular, por qué están allí, por qué están asociados con diferentes personas y qué efectos tienen esos microbios", dijo O'Dwyer. "Mirar las unidades correctas nos da una mejor oportunidadal hacer eso. "
O'Dwyer espera que el campo algún día llegue a un acuerdo sobre una mejor manera de clasificar los microbios, incluso si no es el método propuesto en este documento.
"Esperamos que este estudio realmente haga que la gente piense, no solo que las OTU no siempre son la unidad correcta, creo que todos en el campo estarían de acuerdo con eso", dijo. "Queremos que la gente piensesobre cómo podemos superarlo de forma significativa ".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Instituto Carl R. Woese de Biología Genómica, Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . Original escrito por Emily Scott. Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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