Al ofrecerse como voluntarios para enviar saliva por correo a los investigadores que trabajan con su proveedor de atención médica, miles de personas en California han ayudado a construir una de las herramientas de investigación médica más poderosas del país. Los investigadores ahora han publicado los primeros informes que describen las características genéticas de estos voluntarios, cómosu origen étnico autoinformado se relaciona con la ascendencia genética y los detalles de los métodos innovadores que les permitieron completar el análisis de ADN en 14 meses. Los artículos se publican en la revista Genética .
"Este es un increíble tesoro de datos. La información recopilada durante la atención médica es mucho más completa que las mediciones aisladas que haríamos en un estudio de investigación tradicional", dice el co-investigador principal del proyecto Neil Risch, Universidad de California, SanFrancisco UCSF. "Al vincular estos registros clínicos con los datos genómicos de cada persona, ahora tenemos el poder de rastrear muchas contribuciones genéticas y ambientales a la enfermedad".
Los datos ya se han utilizado para investigar muchas enfermedades. Por ejemplo, los investigadores han identificado variantes genéticas vinculadas al cáncer de próstata, alergias, glaucoma, degeneración macular, diabetes, colesterol alto y muchas más. "No importa qué enfermedad hayamosAl observarlo, encontramos variantes genéticas que lo influyen. Y la belleza de este conjunto de datos es que cubre innumerables enfermedades y rasgos, y los registros médicos se actualizan constantemente a medida que la cohorte envejece ", dice Risch.
El recurso Investigación de epidemiología genética sobre la salud y el envejecimiento de adultos GERA fue creado en 2009 por una colaboración entre el Programa de Investigación de Kaiser Permanente Northern California sobre Genes, Medio Ambiente y Salud RPGEH y el Instituto de Genética Humana en UCSF.
El RPGEH es un estudio en curso de más de 200,000 miembros del Plan de atención médica de Kaiser Permanente que han dado su consentimiento para compartir datos de sus registros médicos electrónicos con investigadores, junto con respuestas a preguntas de encuestas sobre su comportamiento y antecedentes., farmacia y pruebas de laboratorio. Los participantes también contribuyeron con muestras de saliva, y más de 100,000 de estas muestras fueron seleccionadas para análisis genéticos realizados en UCSF. Estos participantes forman la cohorte de GERA.
Debido a que la edad promedio de los participantes en la cohorte de GERA es 63, el equipo de investigación de GERA está enfocando sus esfuerzos en las enfermedades relacionadas con el envejecimiento.
Los datos han estado disponibles para los investigadores a través de un proceso de solicitud y revisión administrado por el RPGEH. El año pasado, los datos genéticos también se pusieron a disposición de la comunidad de investigadores a través del programa dbGaP de los NIH. "El objetivo era crear un recurso que muchoslos grupos de investigación podrían buscar información genética sobre una amplia gama de enfermedades ", dice Catherine Schaefer, co-investigadora principal de GERA y directora ejecutiva de RPGEH en Kaiser Permanente.
Las nuevas publicaciones presentan detalles cruciales de la metodología utilizada para crear la información genética completa sobre los participantes, incluida la longitud de sus telómeros, los casquetes cromosómicos que influyen en las enfermedades relacionadas con la edad, así como en su ascendencia genética.
En un artículo, el equipo describe cómo pudieron procesar más de 100,000 muestras, caracterizando 70 mil millones de variantes genéticas, todo dentro de los dos años dictados por su financiamiento. "En 2009, esta fue una tarea enorme, no lo había hecho"."Los ensayos se realizaron las 24 horas del día, los 7 días de la semana", dice el coautor Pui-Yan Kwok, del Instituto de Genética Humana de la UCSF, por lo que tuvimos que desarrollar nuevos procesos para analizar datos en tiempo real para alertarnosa cualquier problema tan pronto como ocurrieron. También tuvimos que mejorar la calidad del análisis para hacer un mejor uso de los datos ".
Debido a que aproximadamente el 20% de las personas en el estudio eran de grupos minoritarios, los investigadores mejoraron el análisis mediante el desarrollo de cuatro matrices de análisis de genes específicos de etnia o "chips genéticos". Cada chip se adaptó a las variantes genéticas comunes en-Hispanos blancos, afroamericanos, asiáticos orientales o latinos.
Parte de la razón para asegurarse de que el grupo de estudio fuera étnicamente diverso fue corregir la sobrerrepresentación tradicional de personas con ascendencia europea en los estudios genómicos. Uno de los nuevos artículos presenta un estudio detallado de ascendencia genética, que incluye la relación entre los resultados genéticos y la- etnia informada en la cohorte.
Los participantes indicaron su raza o etnia seleccionando hasta veintitrés categorías diferentes de raza / etnia / nacionalidad en un cuestionario. En todas las combinaciones posibles de estas categorías, se representaron en el estudio más de 50 identidades diferentes de raza / etnia.
"Estábamos particularmente interesados en aquellos que marcaron más de una casilla", dice Risch. "Cada vez más personas se identifican como multiétnicas, lo que puede plantear algunos desafíos técnicos para los estudios genómicos. Al mismo tiempo, tambiénpresenta oportunidades para analizar las contribuciones genéticas y sociales a las diferencias de enfermedades entre grupos ".
Las personas que se identificaron como multiétnicas eran, en promedio, más jóvenes que las que eligieron una única etnia, lo que probablemente refleja un aumento de los matrimonios mixtos y el cambio social. Las personas que se identificaron como una etnia diferente a la de sus hermanos genéticos también tendieron a informar una identidad multiétnica.
Los investigadores también han publicado en Genética los métodos que desarrollaron para la medición automatizada de la longitud de los telómeros. Los telómeros son haces protectores de ADN y proteínas que cubren los extremos de los cromosomas. El ADN de los telómeros tiende a erosionarse con la edad, lo que deja a los cromosomas vulnerables al daño, y se hanvinculado con una longitud de telómero más corta.
El trabajo de los telómeros fue dirigido por el grupo de investigación UCSF de Elizabeth Blackburn, quien recibió el Premio Nobel en 2009 por el descubrimiento de los telómeros.
El gran volumen de muestras a procesar significó que el equipo tuvo que desarrollar un sistema robótico de alto rendimiento que completó las pruebas de laboratorio en cuatro meses.
"Esta es la base de datos de longitud de telómeros más grande jamás construida a partir de una sola población de estudio", dice Blackburn. "Al principio, algunos se mostraron escépticos de que pudiéramos obtener datos confiables de la saliva. Pero tuvimos una tasa de éxito del 96 por ciento, y ellos resultados son de hecho muy consistentes con las conclusiones de los estudios de sangre ".
El análisis confirmó que la longitud de los telómeros tendía a ser más larga en las mujeres que a los hombres y a disminuir con la edad. Y surgió una sorpresa notable: para los mayores de 75 años, las personas mayores tendían a tener telómeros más largos, no más cortos. Esto sugiere que en las personas mayoresde 75, los telómeros más largos se asocian con una vida más larga. El equipo también está examinando las correlaciones entre la longitud de los telómeros y la enfermedad, así como los factores ambientales y de comportamiento.
"Este proyecto es uno de los primeros ejemplos de medicina de precisión en los EE. UU., Un enfoque que tiene en cuenta las diferencias en los genes, el entorno y los estilos de vida de las personas y aprovecha grandes conjuntos de datos clínicos para identificar estos factores de riesgo individuales", dice Schaefer. "El poderoso recurso de GERA es solo una muestra de lo que está por venir".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Sociedad de Genética de América . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
Referencias de revistas :
cite esta página :