El 24 de enero de 2020, el Ministerio de Salud francés confirmó los primeros tres casos de pacientes afectados por el coronavirus de Wuhan. El 29 de enero de 2020, el Institut Pasteur, responsable de monitorear los virus respiratorios en Francia, secuenciaron todo el genomadel coronavirus conocido como "2019-nCoV", convirtiéndose en la primera institución en Europa en secuenciar el virus desde el inicio del brote. El virus fue secuenciado en la Plataforma Mutualizada para Microbiología P2M del Instituto Pasteur, que realiza la secuenciación del genoma en bacterias, cepas virales, fúngicas y parasitarias recibidas por los Centros Nacionales de Referencia y los Centros Colaboradores de la Organización Mundial de la Salud con el fin de la vigilancia de enfermedades infecciosas.
En diciembre de 2019, un brote de neumonía aparentemente viral de etiología desconocida surgió en la ciudad de Wuhan, en la provincia china de Hubei.
El 9 de enero de 2020, las autoridades sanitarias chinas y la Organización Mundial de la Salud OMS anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus, conocido como 2019-nCoV, que se confirmó como el agente responsable de los casos de neumonía.
Durante el fin de semana del 11 y 12 de enero, las autoridades chinas compartieron la secuencia completa del genoma del coronavirus, como se detectó en las muestras tomadas de los primeros pacientes. "La secuenciación del genoma de los patógenos es crucial para el desarrollo de pruebas de diagnóstico específicas yidentificación de posibles opciones de tratamiento ", explica Sylvie van der Werf, Directora del Centro Nacional de Referencia CNR para Virus Respiratorios en el Institut Pasteur.
viernes 24 de enero de 2020. Detección del virus confirmado en Francia
El viernes 24 de enero, a última hora de la mañana, el Institut Pasteur recibió muestras de tres casos sospechosos dos pacientes en París y uno en Burdeos. "Utilizando las muestras tomadas de estos pacientes, detectamos el nuevo coronavirus", dice SylvieBehillil, subdirector del CNR en el Institut Pasteur.
Desde el viernes 24 de enero de 2020. Genoma viral secuenciado en el Institut Pasteur
Ese mismo viernes por la noche, los científicos lanzaron el proceso de secuenciación del genoma viral basado en las muestras. El CNR preparó el material para la secuenciación, listo para que P2M comenzara a funcionar inmediatamente el lunes siguiente. La secuenciación se completó a primera hora de la tarde delEl martes, y los científicos utilizaron el análisis de datos para obtener la secuencia del genoma completo en dos de los primeros tres casos confirmados en Francia. "Esto demuestra la eficacia del proceso de análisis del CNR basado en la secuenciación viral", continúa Vincent Enouf.
jueves 30 de enero de 2020. El Institut Pasteur obtiene y comparte la secuencia completa del virus
La plataforma P2M ver más abajo actualmente se desempeña a un nivel extremadamente alto; el tiempo promedio necesario para producir secuencias varía de tres días para emergencias a un máximo de diez días. En este caso, tomó solo tres días para elSe debe determinar toda la secuencia: "Realizamos análisis de datos durante la noche de martes a miércoles, luego corroboramos los resultados el miércoles con un contraanálisis", explica Vincent Enouf. "La secuencia completa se confirmó en solo tres días".
¿Qué podemos aprender de él? "Las secuencias fueron idénticas en todas nuestras muestras. Un miembro de la pareja debe haber contaminado al otro, ya que el virus es el mismo". Las dos secuencias completas del virus aisladas en dos de lasLos primeros casos franceses se presentaron a la plataforma Global Initiative on Sharing All Influenza Data GISAID, que se desarrolló inicialmente para compartir secuencias y monitorear la evolución genética de los virus de la influenza, un proceso que es vital para determinar la composición de la vacuna contra la influenza.Se ha creado una pestaña especial "coronavirus" para que la comunidad científica pueda trabajar junta y avanzar a un ritmo más rápido.
"Se han obtenido alrededor de otras veinte secuencias del nuevo genoma del coronavirus en todo el mundo, y si las comparamos con las nuestras, podemos ver que están muy cerca; no hay mucha diversidad en los virus analizados, lo que sugiere que el coronavirus 2019-nCoV no necesitaba mutar para adaptarse y extenderse ", continúa Vincent Enouf.
El Centro Nacional de Referencia CNR para Virus Respiratorios del Institut Pasteur en París es uno de los laboratorios de referencia de la OMS para el coronavirus 2019-nCoV.
Un total de ocho personas del CNR y dos de la plataforma de secuenciación P2M han estado trabajando en el virus esta semana y continuarán monitoreando el brote en Francia.
P2M, una plataforma mutualizada de vanguardia para microbiología también abierta a CNR externos
P2M también está disponible para CNR externos para la secuenciación. En 2019 trabajó con cuatro CNR basados fuera del Institut Pasteur. La plataforma secuencia bacterias, virus, parásitos y hongos. Gracias a la experiencia adquirida en los últimos cinco años desde 2015,P2M hoy ofrece un servicio altamente eficiente, como lo demuestra una tasa de éxito de primer paso es decir, una secuencia de alta calidad que proporciona información completa sobre el genoma completo de más del 95% en 2019. La producción de secuencias demora entre tres días para emergenciasy diez días como máximo.
En 2019, P2M secuenciado alrededor de 25,000 patógenos. La secuenciación del genoma aumenta el umbral de sensibilidad para la detección de brotes. La identificación temprana de brotes por los científicos del Institut Pasteur casos agrupados en un corto espacio de tiempo causado por el mismo patógeno permite a los epidemiólogos llegar atrabajar de inmediato para determinar los orígenes del brote, y las autoridades para coordinar la respuesta de salud pública.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Institut Pasteur . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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