Los medicamentos como el crizotinib se usan para tratar pacientes con cáncer de pulmón positivo para ROS1. ¿Pero qué pacientes son positivos para ROS1? Un estudio del Centro de Cáncer de la Universidad de Colorado publicado en el Revista de oncología torácica muestra que las pruebas de laboratorio comunes utilizadas para determinar el estado de ROS1 tienen limitaciones inherentes que pueden conducir a resultados falsos negativos. Algunas muestras que se determinaron que eran negativas para ROS1 en una prueba mostraron ser positivas para ROS1 en otra, lo que significa quealgunos pacientes que podrían beneficiarse de la terapia dirigida por ROS1 pueden estar resbalando por las grietas.
Una prueba de uso común, basada en una técnica conocida como hibridación fluorescente in situ FISH, proporcionó un falso negativo para 2 de 20 muestras que se sabe que son positivas para ROS1; una prueba que secuencia y analiza el ADN de ROS1 fue negativa en 4 de18 muestras positivas; y una prueba que busca ARN de fusión ROS1 fue negativa en 3 de 19 muestras positivas.
"El punto principal es ser consciente de las deficiencias en estos ensayos y no confiar siempre en un resultado negativo de una sola prueba. Si sospecha que un paciente podría ser positivo para ROS1, tal vez sea unnunca fume sin otros controladores conocidos como EGFR, ALK, KRAS, BRAF, entonces puede ser útil probar otro tipo de prueba ", dice Kurtis Davies, PhD, Científico Líder de Desarrollo de Ensayos en el Laboratorio de Correlatos Moleculares de Colorado CMOCO.
Davies, el primer autor del estudio, trabajó en estrecha colaboración con colegas, incluidos los autores principales Robert C. Doebele, MD, PhD, director de la Iniciativa de Investigación de Oncología Torácica del Centro de Cáncer de CU, y Dara Aisner, MD, PhD, Director de CMOCO en el Departamento de CUde Patología, que habitualmente emplea múltiples modos de prueba de muestras de cáncer.
"La Universidad de Colorado ha sido un gran jugador en la investigación clínica del cáncer de pulmón ROS1, por lo que tenemos muchas más muestras positivas para ROS1 que en cualquier otro lugar. Esto nos permitió volver a nuestro gran banco de muestras parapruébelos de estas tres maneras ", dice Davies.
El estudio encontró que cada prueba tiene deficiencias inherentes. Los cánceres positivos para ROS1 son causados por el gen ROS1 que se fusiona con uno de varios genes asociados. Uno de estos posibles socios se encuentra muy cerca de ROS1 en el cromosoma 6. Cuando ROS1 se fusiona coneste compañero cercano, puede que no haya suficiente ADN eliminado para identificar la fusión usando FISH.
"Puede dejar suficientes sitios de unión de la sonda FISH para que la muestra parezca normal aunque haya una fusión ROS1", dice Davies.
La deficiencia en la prueba basada en el ADN se debió a la incapacidad inherente de secuenciar adecuadamente grandes áreas del gen ROS1.
"Tiene grandes franjas de ADN no secuenciado y si el cambio ROS1 está en una de esas áreas, es posible que se lo pierda", dice Davies.
"Algunas regiones de ADN pueden ser muy difíciles de secuenciar debido a secuencias altamente repetitivas, por lo que simplemente tratar de secuenciar esas regiones no necesariamente corrige el déficit", dice Aisner.
A diferencia de las otras dos pruebas, el análisis basado en ARN no intenta tomar una instantánea del ADN ROS1 alterado. En cambio, analiza lo que se fabrica a partir del ADN. Esto significa que un análisis basado en ARN tiene el potencial depruebe más directamente los resultados de la fusión del gen ROS1 que puede conducir el cáncer, es decir, siempre que tenga suficiente ARN.
"La deficiencia en los ensayos basados en ARN es que dependen de la calidad del ARN, que puede ser mala en las muestras clínicas", dice Davies.
En el lado positivo, los patólogos que observan los datos del ensayo pueden determinar si el ARN es de una calidad lo suficientemente alta como para creer en los resultados de la prueba. "Sabemos cuando la calidad del ARN es baja", dice Davies. En estos casos, el FISH o el ADNpodría usarse la prueba. Y los falsos negativos atribuidos al análisis de ARN en este estudio se debieron a la baja calidad del ARN.
"Si elimina los negativos debido a la calidad del ARN que realmente no consideramos negativos, no hubo falsos negativos con este tipo de prueba", dice Davies.
Nuevamente, según Davies, la conclusión es darse cuenta de que no hay una prueba perfecta y, a veces, es necesario un análisis secundario con una prueba diferente para confirmar los resultados. La estrategia es más que teoría.
"Hemos realizado FISH al mismo tiempo que la prueba de ARN durante los últimos 18 meses", dice Davies. "Esto nos ayuda a garantizar que no faltan pacientes que puedan beneficiarse de la terapia dirigida por ROS1".
La estrategia de prueba por dos métodos ha valido la pena.
"Uno de los pacientes incluidos en este estudio se determinó inicialmente que era ROS1 negativo a través de FISH, pero posteriormente se demostró que era ROS1 positivo a través de ARN", dice Aisner. "Este paciente recibió la terapia dirigida ROS1 y demostróuna respuesta impresionante "
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Materiales proporcionado por Campus Médico Anschutz de la Universidad de Colorado . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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