La secuenciación del genoma completo mediante la lectura de fragmentos largos LFR, una tecnología que puede analizar todo el contenido genómico de un pequeño número de células, detectó mutaciones potencialmente dirigibles utilizando solo cinco células tumorales circulantes CTC en una paciente con cáncer de mama metastásico, informecientíficos en Investigación del cáncer , una revista de la Asociación Americana para la Investigación del Cáncer. Los autores del informe incluyen a Brock Peters, PhD, director senior de investigación en Complete Genomics Inc. en San José, California, y BGI-Shenzhen en Shenzhen, China; John W.Park, MD, profesora de medicina clínica y directora de Novel Therapeutics, Breast Oncology, en la Universidad de California, San Francisco UCSF; Hope S. Rugo, MD, profesora de medicina y directora de educación en oncología mamaria y ensayos clínicos en la UCSF.
El equipo de Complete Genomics y sus colegas de UCSF evaluaron los CTC de dos biopsias líquidas extraídas de una paciente de 61 años de edad con cáncer de mama metastásico positivo para ER / HER2 negativo en dos puntos de tiempo diferentes durante su curso de tratamiento. Primero,aislaron 34 CTC altamente puros usando la tecnología de enriquecimiento inmunomagnético / clasificación de células activadas por fluorescencia IE / FACS desarrollada por Park y Mark Magbanua, PhD, en UCSF. Luego utilizaron LFR para realizar una secuenciación avanzada del genoma completo al dividir el ADN genómicolos CTC en 3.072 compartimentos individuales, con cada compartimento conteniendo aproximadamente el 5 por ciento del genoma del cáncer. Posteriormente, el ADN de cada compartimento se marcó con un código de barras único, los compartimentos se combinaron y el ADN genómico y los códigos de barras se secuenciaron.
"De 34 células detectamos con precisión mutaciones presentes en tan solo el 12 por ciento de los CTC, establecimos el tejido de origen e identificamos posibles terapias combinadas personalizadas para la enfermedad altamente heterogénea de este paciente", dijo Peters.
Según Peters, esta investigación es la primera aplicación de la tecnología LFR a los CTC. "LFR subdivide el genoma en compartimentos, lo que nos permite contar los fragmentos con mutaciones somáticas en todos los compartimentos para cuantificar con precisión el número de mutaciones presentes en una poblaciónde células. También sirve para eliminar variantes de nucleótidos simples falsos positivos ", explicó Peters.
"LFR, que explora los más de 20,000 genes en el genoma y todas las regiones no codificantes, es más completo que los paneles de genes, que examinan alrededor de 100 genes y se enfocan en pequeñas regiones genómicas típicamente asociadas con una enfermedad", continuó.
Debido a que estudios previos indican que se pueden esperar cinco CTC en aproximadamente la mitad de los pacientes con enfermedad metastásica, y evaluar 34 CTC es prohibitivo, Peters y sus colegas analizaron cinco lotes diferentes de cinco CTC y replicaron sus hallazgos. Los investigadores estimaron queel costo de su técnica avanzada de secuenciación del genoma completo en cinco CTC sería de aproximadamente $ 3,000 en los próximos años, en línea con las pruebas de diagnóstico de oncología actuales.
"Que nuestro método de secuenciación pueda detectar las mutaciones somáticas más importantes de solo cinco CTC en una biopsia líquida no invasiva es importante, lo que demuestra la rentabilidad y la utilidad en entornos clínicos", dijo Peters.
"Nuestro trabajo destaca la importancia y la utilidad del uso de análisis de genoma completo exactos y cuantitativos en un entorno clínico", dijo Peters. "Identificamos mutaciones dirigibles que las estrategias de secuenciación clínica actuales habrían pasado por alto. En el futuro de la medicina de precisión cercana,este tipo de información será crítica para seleccionar tratamientos efectivos personalizados de múltiples medicamentos ".
El coautor del estudio, John W. Park, MD, profesor de medicina clínica y director de Novel Therapeutics, Breast Oncology, en la Universidad de California, San Francisco UCSF, dijo: "Observamos que es posible desarrollar unestrategia sólida para la biopsia líquida utilizando la secuenciación del genoma completo de las células tumorales circulantes. Este enfoque permite un perfil molecular detallado en todo el genoma del cáncer del paciente ".
El coautor del estudio, Hope S. Rugo, MD, profesor de medicina y director de educación en oncología mamaria y ensayos clínicos de la UCSF, dijo: "El IE / FACS permite un aislamiento exquisito y a gran escala de CTC altamente puros con pocoo no hay contaminación de las células sanguíneas normales, lo que proporciona la robustez necesaria para la secuenciación precisa del genoma completo de algunas células. En conjunto, la plataforma de biopsia líquida que describimos en este estudio sugiere un enfoque viable para pruebas mínimamente invasivas pero exhaustivas y en tiempo real decáncer metastásico en la clínica "
Según Peters, las principales limitaciones del estudio son que solo se estudió a un solo paciente y ninguna de las posibles terapias sugeridas podría ser probada, lo que enfatiza la necesidad de estudios más grandes.
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Materiales proporcionados por Asociación Americana para la Investigación del Cáncer . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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