El genoma no es un código fijo sino flexible. Permite cambios en los genes. Sin embargo, los transposones, llamados genes saltadores, interpretan esta flexibilidad de una manera mucho más libre que los genes "normales". Se reproducen en el genoma y eligensu posición ellos mismos. Los transposones también pueden saltar a un gen y dejarlo inoperativo. Por lo tanto, son una marca distintiva importante para el desarrollo de diferentes organismos.
No está claro qué desencadena la actividad del transposón
Sin embargo, aún no está claro cómo se desarrollaron los genes saltarines y qué influye en su actividad ". Para descubrir cómo, por ejemplo, las zonas climáticas influyen en la actividad, debemos poder comparar la frecuencia de los transposones en diferentes poblaciones, endiferentes grupos de individuos ", explicó el bioinformático Robert Kofler, del Instituto de Genética de Poblaciones de la Universidad de Medicina Veterinaria de Viena. Pero esta frecuencia aún no se ha determinado con precisión.
Nuevo software para un método de bajo precio
Los transposones se detectan mediante secuenciación de ADN. Pero esta detección no se puede llevar a cabo para cada miembro de una población ". Por el momento, esto iría más allá de los recursos disponibles con respecto a las finanzas y la cantidad de trabajo. El único, y mucho más barato"La opción es analizar a toda una población en una sola reacción", explicó el último autor Christian Schlötterer. Este método, que ha establecido utilizando el ejemplo de las moscas de la fruta, se llama Pool-Seq. También se aplica de forma rutinaria para detectar transposones.los programas de análisis, sin embargo, no pudieron proporcionar un resultado preciso en este caso. Hasta ahora, cada análisis ha sido sesgado por diferentes factores, como la profundidad de secuenciación y la distancia entre lecturas emparejadas.
Para este propósito, Kofler desarrolló el nuevo software PoPoolationTE2. "Si secuenciamos poblaciones enteras, cada reacción proporciona un resultado diferente. El número de individuos mixtos es siempre el mismo, pero los individuos individuales difieren", explicó Kofler. Además, técnicolas diferencias en el procesamiento de la muestra, entre otras, han influido en el análisis hasta el momento. PoPoolationTE2 no se ve afectado por estos factores. Por lo tanto, las preguntas sobre la actividad de los transposones se pueden responder con precisión para las reacciones Pool-Seq.
Interesante para la investigación del cáncer
"La detección imparcial de la abundancia de transposones permite una comparación a bajo precio de poblaciones de, por ejemplo, diferentes zonas climáticas. En el siguiente paso, podemos descubrir si un transposón es muy activo en una zona climática particular", dijo KoflerEn principio, el bioinformático ha desarrollado este nuevo software para Pool-Seq. Pero como este método también se aplica en la investigación y el diagnóstico médicos, el programa también es interesante para la investigación del cáncer o la detección de cambios neurológicos ya que los transposones también se producen en el cerebro..
Los experimentos de laboratorio confirman factores influyentes
Los experimentos de laboratorio pueden indicar los factores que influyen en los transposones. El último autor Schlötterer explicó estos factores en referencia a un experimento con moscas de la fruta: "Criamos cien generaciones por población y las exponemos a diferentes estímulos. Secuenciamos en cada décima generación y determinamos si unel estímulo ha influido en la actividad de los transposones. Por lo tanto, podemos describir la actividad de los transposones en movimiento rápido, por así decirlo. "Si la abundancia es baja, los científicos suponen que los transposones solo comienzan a ser más frecuentes. Si un transposónse reproduce muy rápidamente en una población particular, esto se llama invasión. Si se detecta un gen saltador en una población completa y no en otra, podría haberse seleccionado positivamente.
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Materiales proporcionado por Veterinärmedizinische Universität Wien . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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