Al revisar miles de estudios asociados de genoma amplio GWAS para identificar variantes genéticas en polimorfismos de un solo nucleótido SNP, los investigadores del Centro de Cáncer de Algodón Norris de Dartmouth descubrieron que algunos alelos uno de un par de genes ubicados en un cromosoma específico son másfrecuentemente asociado con el riesgo de la enfermedad que la protección. La investigación, realizada por Ivan P. Gorlov, PhD, Olga Y. Gorlova, PhD, y Christopher I. Amos, PhD del recientemente formado Departamento de Ciencia de Datos Biomédicos, se compartió en "AllelicLos espectros de riesgo de los SNP son diferentes para las enfermedades dependientes del medio ambiente / estilo de vida versus las independientes ", y publicado en PLOS Genética .
"Los SNP generalmente tienen dos alelos: menor con frecuencia de población <50% y mayor con frecuencia de población> 50%", dijo Gorlov, primer autor del artículo. "Con respecto a la enfermedad, los alelos se pueden clasificar ensiendo riesgosos o protectores. Investigamos si la proporción de los alelos asociados con el riesgo era mayor entre los alelos menores y encontramos que la selección contra los alelos de riesgo reduce sus frecuencias. Debido a esto, los alelos de riesgo están sobrerrepresentados entre los alelos menores ".
Para continuar su investigación, el equipo utilizó un índice de medio ambiente / estilo de vida ELI para dividir las enfermedades en dos grupos: dependiente del medio ambiente / estilo de vida E / LS e independiente de E / LS. El primer grupo incluye enfermedades como la diabetes tipo 2y enfermedades cardiovasculares, cuya incidencia está vinculada a los cambios recientes en el entorno humano y el estilo de vida. El segundo grupo incluyó enfermedades con poca o ninguna evidencia de que su incidencia depende del medio ambiente y el estilo de vida. Descubrieron que la distribución de alelos de riesgo para las enfermedades dependientes de E / LS sigueun modelo neutral mientras haya evidencia clara de selección negativa para la enfermedad independiente de E / LS.
"Presumimos que los cambios en el entorno y el estilo de vida reasignan la importancia funcional de los polimorfismos existentes, convirtiendo algunos de ellos en riesgos asociados y otros en enfermedades protectoras", dijo Gorlov. "Debido a que la mayoría absoluta de los polimorfismos existentes son selectivamente neutrales, elLa distribución de frecuencias para los SNP asociados a la enfermedad sigue un modelo neutral. Se requieren varias generaciones para la selección para reducir las frecuencias de los alelos asociados con el riesgo, lo que dará como resultado su sobrerrepresentación entre las variantes menores, como observamos para las enfermedades independientes de E / LS ".
Las enfermedades humanas con la mayor carga pública son enfermedades dependientes de E / LS, y el equipo descubrió que las distribuciones alélicas para ellas siguen a las de un SNP humano promedio que es neutral. Esto les permitirá estimar el porcentaje de heredabilidad que puede explicarse portodos los SNP asociados con la enfermedad: estimar la contribución total del SNP en la heredabilidad de la enfermedad determinará si existen otras fuentes significativas de riesgo hereditario.
El siguiente paso para Gorlov y el equipo es aplicar un modelo neutral para estimar la heredabilidad total de la enfermedad detectada por E / LS atribuible a todos los SNPS asociados a la enfermedad, incluidos aquellos que aún no se han detectado. Estos hallazgos también ayudarán a los investigadores aComprender la etiología de las enfermedades complejas comunes porque podemos anticipar variantes más funcionalmente significativas para influir en las enfermedades con un componente ambiental más fuerte, mientras que las variantes poco comunes pueden ser más importantes para las enfermedades con una contribución ambiental débil.
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Materiales proporcionado por Norris Cotton Cancer Center Dartmouth-Hitchcock Medical Center . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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