Combinando el poder de 27 recursos de datos, Omnipath ayuda a los investigadores a ver las vías de señalización biológica con una precisión sin precedentes. Desarrollado por investigadores en el Reino Unido y Alemania y publicado en métodos de la naturaleza , OmniPath ofrece una colección completa y unificada de vías de señalización seleccionadas por la literatura basada en un análisis de 41.000 artículos científicos.
Todas las funciones que ocurren en nuestras células están controladas por grupos de moléculas que trabajan juntas a través de vías de señalización. Una vez que la primera molécula recibe una señal, la siguiente se activa, y así sucesivamente. Cuando las cosas van mal en estas vías, se puede desarrollar cáncer.Muchos medicamentos contra el cáncer funcionan poniendo obstáculos en un camino, deteniendo la señal y, con suerte, el crecimiento de tejido canceroso.
Para descubrir cómo funcionan las vías de señalización, los biólogos moleculares llevan a cabo y validan experimentos, a veces durante muchos años, para caracterizar las interacciones exactas que tienen lugar entre las proteínas.
Los investigadores pueden compartir los resultados de estos estudios de rutas en bases de datos públicas, para generar conocimiento colectivamente. Los datos se juntan con los resultados de miles de estudios publicados sobre interacciones moleculares. Estos están organizados por 'curadores' expertos para que sean detectables,y puede ayudar a los investigadores a dar forma a nuevos experimentos o analizar nuevos resultados.
Ahora hay más de 27 bases de datos públicas sobre interacciones de señalización, cada una de las cuales ofrece algo diferente y muchas de las cuales ofrecen formatos personalizados. OmniPath, desarrollado por investigadores de EMBL-EBI, RWTH Aachen University y el Earlham Institute, brinda una visión unificada detodas las interacciones de señalización 'curadas por la literatura' en estas bases de datos.
En su lanzamiento, OmniPath tiene referencias a más de 41,000 estudios originales, con datos que representan 36,557 interacciones entre 7,984 proteínas. El interactoma, que describe todas las interacciones biológicas en un organismo, podría incluir entre 100,000 y 250,000 interacciones en un ser humano.Esa es una gran cantidad de información para juntar, por lo que la precisión y la coherencia son primordiales.
"El trabajo de los curadores de datos es invaluable porque sin ellos los datos nunca se reunirían con el tipo de precisión que necesita en biología", dice Dénes Türei, becario postdoctoral de EIPOD en EMBL-EBI. "Ha sido emocionante trabajar juntoscon personas de tantas disciplinas, y producir esta visión concisa del conocimiento colectivo actual de las vías de señalización ".
"Los investigadores tienden a confiar en la precisión de los recursos seleccionados, sin profundizar demasiado en su contenido y métodos reales", dice Tamás Korcsmáros, miembro del Earlham Institute and Institute of Food Research. "Los estudios de evaluación comparativa se han centrado principalmente en recursos con interaccionesde experimentos de alto rendimiento, e incluso estos han sido pocos y distantes ".
El nuevo estudio proporciona pautas integrales, basadas en un examen exhaustivo de más de 50 recursos de datos, para ayudar a los investigadores a seleccionar el recurso de datos más apropiado para su trabajo.
Los datos en OmniPath se basan principalmente en experimentos a pequeña escala, pero su software Pypath permite agregar conjuntos de datos obtenidos de grandes experimentos de detección o convertidos a partir de reacciones. Pypath un módulo de Python permite a los usuarios crear redes de señalización personalizadas y combinarlascon otros datos. Es una herramienta poderosa para incorporar rutas en los flujos de trabajo de bioinformática y hace que el análisis detrás de OmniPath sea completamente de código abierto, transparente y fácilmente reproducible.
"Comparamos todo tipo de recursos de datos de señalización y aclaramos las propiedades de diferentes conjuntos de datos, lo que ayuda a los investigadores a tomar decisiones mejor informadas en sus análisis", dice Julio Saez-Rodríguez, líder del grupo visitante en EMBL-EBI y profesor en RWTH Aachen.. "Ya ha demostrado ser muy valioso para la investigación dentro de nuestros grupos, y esperamos que otros también lo encuentren valioso".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Instituto Earlham . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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