La reproducibilidad de los resultados experimentales publicados recientemente ha atraído la atención en muchos campos científicos diferentes. La falta de disponibilidad de datos científicos primarios originales representa un factor importante que contribuye a los problemas de reproducibilidad, sin embargo, la comunidad de biología estructural ha dado pasos significativos hacia la creación de datos experimentalesdisponible.
La cristalografía de rayos X macromolecular ha liderado el camino al exigir la difusión pública de coordenadas atómicas y una gran cantidad de datos experimentales a través del Banco de Datos de Proteínas PDB y proyectos similares, haciendo del campo uno de los más reproducibles en las ciencias biológicas.
El IUCr encargó al Grupo de Trabajo de Deposición de Datos de Difracción DDDWG en 2011 para examinar los beneficios y la factibilidad de archivar imágenes de difracción sin procesar en cristalografía. El informe trienal DDDWG 2011-2014 hizo varias recomendaciones clave con respecto a la preservación de datos de difracción sin procesar. Sin embargo, no queda ningún mandato para la divulgación pública de los datos de difracción originales.
El Recurso Integrado para la Reproducibilidad en Cristalografía Macromolecular IRRMC es parte del programa Big Data to Knowledge de los Institutos Nacionales de Salud y se ha desarrollado para archivar datos sin procesar de experimentos de difracción y, lo que es igualmente importante, para proporcionar metadatos relacionados.la base de datos contiene al momento de escribir 3070 experimentos de difracción macromolecular 5983 conjuntos de datos y sus correspondientes metadatos parcialmente curados, que representan alrededor del 3% de todas las deposiciones en el Banco de datos de proteínas. El recurso está disponible en http://www.proteindiffraction.org y se puede buscar usando varios criterios a través de una interfaz simple y optimizada. Todos los datos están disponibles para acceso y descarga sin restricciones. El recurso sirve como prueba de concepto y demuestra la factibilidad de archivar datos de difracción sin procesar y metadatos asociados de rayos Xestudios cristalográficos de macromoléculas biológicas.
Hablando con un periodista sobre el proyecto, el líder del equipo, Wladek Minor, dijo: "Hay tanta investigación en curso que no se puede publicar todo y, a menudo, los resultados de estudios no exitosos no aparecen en la literatura. Creo que elLa clave del éxito es saber acerca de los experimentos fallidos, queremos saber por qué fallan "
El objetivo del proyecto es expandir el IRRMC e incluir conjuntos de datos que no produjeron estructuras de rayos X. Esto podría facilitar los esfuerzos de colaboración para mejorar los métodos de determinación de la estructura de las proteínas y también garantizar la disponibilidad de datos "huérfanos" que dejóinvestigadores individuales y / o proyectos de genómica estructural extintos.
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Materiales proporcionados por Unión Internacional de Cristalografía . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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