La parasitología sigue siendo un campo complejo dadas las diferencias a menudo extremas entre los parásitos, que caen bajo la definición general de un organismo que vive en otro organismo huésped o sobre él y obtiene nutrientes a expensas del huésped. Publicado en la revista Open Access GigaScience , son artículos sobre dos organismos parásitos, la sarna y la tenia, Schistocephalus solidus . No solo son ambos artículos en parasitología, sino que la forma en que se presentan estos estudios incluye un medio único para informar los Métodos que sirve para mejorar la reproducibilidad. Aquí los autores aprovechan el repositorio de acceso abierto de métodos científicos y unplataforma centrada en protocolos, protocolos.io. Los nuevos mecanismos de presentación de la investigación científica son imprescindibles para mejorar la reutilización de la información científica.
Actualmente, la forma más común de presentar métodos en los artículos es en párrafos extremadamente breves o como archivos PDF descargables suplementarios. El resultado suele ser una metodología incompleta o imposible de descubrir: un problema serio dada la metodología es clave para que los científicos se basen en datos científicosdescubrimiento. Los artículos de parasitología publicados hoy son los dos primeros estudios que muestran la perfecta integración en el proceso de envío y publicación de manuscritos de descripciones metodológicas claras, detalladas y completas. La plataforma protocol.io permite a los investigadores enviar sus métodos en un formato estándar,sin limitaciones de espacio, que se pueden vincular directamente a cualquier artículo simplemente a través de un enlace citable. Estos también se pueden buscar en línea y, lo mejor aún, se pueden versionar permitiendo adaptaciones para trabajos futuros. Esto no solo permite a la comunidad de investigación un fácil accesoa métodos detallados, también significa que los autores no tienen que reescribir continuamente métodos para cada artículo que usa tdobladillo.Simplemente pueden citar y acreditar la 'receta' en protocol.io.
Parece apropiado que la complejidad de hacer que los informes científicos sean reproducibles se demuestre en artículos que capturan la complejidad de los organismos parásitos y, en estos casos, los parásitos que requieren muchos pasos experimentales complicados y diferentes procesos de cálculo inusuales para estudiarlos.
En el primer estudio, investigadores del Instituto de Investigación Médica Walter y Eliza Hall y otras 4 instituciones australianas estudiaron el genoma del parásito de la sarna humana recolectado en comunidades remotas desfavorecidas e indígenas en el norte de Australia, donde hasta el 25% de los adultos yEl 50% de los niños adquieren infecciones por sarna cada año. Las infecciones por sarna están relacionadas con infecciones bacterianas de la piel y fiebre reumática. Como consecuencia de esto, los niños con sarna tienen un peor pronóstico y esto es un factor que contribuye a que los australianos indígenas tengan una esperanza de vida significativamente reducida yentre las tasas más altas de cardiopatía reumática del mundo.
Hasta ahora, estudiar esta especie ha sido un desafío. Al tener un tamaño de fracciones de milímetro, los investigadores necesitaban recolectar, por muestra, alrededor de 1000 ácaros para obtener suficiente ADN para la secuenciación de próxima generación. Además de las complicaciones de recolectar y agrupar losácaros, su pequeño tamaño también significaba que tenían que lidiar con la contaminación del contenido intestinal del ácaro. Todas estas variables pueden crear dificultades para describir claramente cómo se derivan las conclusiones y cómo se puede construir la investigación. El autor principal Anthony Papenfuss, discutiendo eldesafíos de comunicar este trabajo, declaró: "Escribir descripciones claras y precisas de los métodos de laboratorio húmedo y bioinformática es un desafío en el mejor de los casos. Es especialmente difícil cuando el diseño es complejo y requiere un análisis exploratorio iterativo utilizando múltiples herramientas. Requieremucho cuidado y el refinamiento del texto que requiere mucho tiempo. Creo que documentar los métodos usando protocolos.io hará que esto sea mucho más fácil ".
En el segundo artículo, investigadores del Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes y la Universidad de 22 Leicester estudiaron la biología molecular de la tenia parásita Schistocephalus solidus . A pesar de que S. solidus sirve como un sistema de estudio emblemático en parasitología con dos siglos de investigación, tiene un ciclo de vida extremadamente complicado con múltiples estados de desarrollo y especies hospedadoras que parasitan crustáceos, peces y aves.se sabe mucho sobre su morfología y fisiología, la identificación de qué genes se utilizan en cada etapa de la infección, ha sido comparativamente deficiente. El trabajo aquí incluye recrear las diferentes condiciones del huésped y recolectar gusanos vivos de los diferentes ciclos de vida para recolectar ARN y producir unCatálogo de genes del transcriptoma. El primer autor François-Olivier Hébert explicó: "Describir un proceso tan largo de muestreo de campo, infecciones experimentales en el laboratorio utilizando múltiples hospedadores y, por supuesto, los análisis bioinformáticos complementarios, fue uno de los mayores desafíos en este trabajo."Con la nueva canalización integrada de publicación de datos y métodos que ayuda a esto, los autores agregaron:" Pudimos lograrlo haciendog todos nuestros scripts, programas y conjuntos de datos caseros disponibles gratuitamente para el público a través de GigaScience , GigaDB y protocolos.io. Representan plataformas complementarias esenciales que nos permitieron respetar nuestra visión de una ciencia reproducible ".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por GigaScience . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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