Un consorcio de investigación estonio-alemán Universidad de Tartu y EMBL demostró sesgos metodológicos sustanciales en la diversidad de hongos del suelo. Resulta que incluso los enfoques sofisticados e innovadores como el código de barras de ADN y los análisis sin PCR pueden terminar coninformación sesgada cuando se investiga la composición de la comunidad taxonómica de la biota del suelo. El estudio se publica en ambas revistas de acceso abierto MycoKeys y ciencia revista
La secuenciación Illumina de alto rendimiento de los metabarcos de ADN y todo el metagenoma del suelo reveló fuertes sesgos metodológicos en la percepción taxonómica de la diversidad fúngica del suelo. Todos los métodos tenían sus sesgos y defectos inherentes, pero llegaron a conclusiones ecológicas más o menos similares que indican el mayor papel de las variables florísticas encomunidades fúngicas del suelo en la montañosa Papúa Nueva Guinea.
"Me motivó una crítica al artículo de Science del año pasado sobre la diversidad mundial de hongos, donde se sospechaba que la abundancia de ciertos hongos estaba subestimada", explicó el Dr. Leho Tedersoo, ecólogo de suelos y micólogo de la Universidad de Tartu, Estoniay autor principal del presente trabajo.
"El resultado más intrigante es que todos estos métodos moleculares innovadores y de alto rendimiento tienen sesgos inherentes graves. Por ejemplo, los métodos basados en amplicones dependen en gran medida de la resolución taxonómica del código de barras fragmento de ADN utilizado para la identificación, plantilla de cebadordesajustes, la presencia de intrones y la longitud total del código de barras; pero a la inversa, los métodos libres de PCR se ven más afectados por la disponibilidad de información de referencia taxonómica, que difiere enormemente para las clases de hongos y phyla ", agregó Leho.
En conclusión, el Dr. Tedersoo señaló que los métodos libres de PCR desarrollados recientemente no proporcionan una varita mágica para comprender la composición de la comunidad taxonómica de la biota del suelo, pero, sin embargo, estos métodos tienen un gran potencial para comprender la capacidad funcional de los microorganismos.
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