Las referencias forman la base de nuestra comprensión del mundo: nos permiten medir la altura de nuestros hijos o la eficacia de una droga. Pero cuando tales criterios son defectuosos, se generan dudas sobre todas las mediciones que se derivan de ellos.También use estándares para reconstruir la historia de una especie o para evaluar el impacto de las mutaciones, en forma de marcadores genéticos diseminados por todo el genoma. Siempre que estos marcadores sean neutrales, es decir, que hayan evolucionado al azar en lugar de a través de un proceso selectivo, puedenser utilizado de manera confiable como "estándares" para comparar varios parámetros entre poblaciones.
Sin embargo, lo que el científico Fanny Pouyet y sus colegas del Grupo de Laurent Excoffier en el Instituto Suizo de Bioinformática SIB y la Universidad de Berna descubrieron recientemente es que el 95% de nuestro genoma parece estar afectado por la selección y otros sesgos genéticos y quelos marcadores que antes se consideraban neutrales parecen proporcionar estimaciones sesgadas. Su estudio, publicado en eLife , exige el reexamen de una gran cantidad de resultados y proporciona las herramientas y recomendaciones para corregir tales problemas en el futuro.
No tan neutral después de todo: el 95% de nuestro genoma bajo influencia
Los modelos utilizados para reconstruir la historia de una especie o para descubrir cómo se relacionan las poblaciones entre sí se basan en una suposición clave: que las regiones del genoma bajo escrutinio están formadas por fragmentos de ADN "neutros", es decir, partes que han evolucionado aleatoriamentede ser seleccionados a favor o en contra. Pero estas regiones podrían no ser tan neutrales como se pensaba anteriormente, según un hallazgo reciente de científicos del SIB y la Universidad de Berna: "Lo que encontramos es que menos del 5% del genoma humano puedeen realidad se considera "neutral", dice Fanny Pouyet, autora principal del estudio. "Este es un hallazgo sorprendente: significa que el 95% del genoma está indirectamente influenciado por los sitios funcionales, que representan solo del 10% al 15%del genoma ", concluye. Estos sitios funcionales abarcan tanto genes como regiones involucradas en la regulación génica.
Una receta "universal" para marcadores neutros
Los científicos han ideado durante mucho tiempo la mejor manera de obtener conjuntos "imparciales" de marcadores genómicos y varios de estos conjuntos se utilizan habitualmente en estudios genéticos. El estudio de Pouyet y sus colegas ahora arroja preocupación sobre la fiabilidad de estos marcadores ".Todos los conjuntos de marcadores existentes se presentaron como "neutrales" y descubrieron que proporcionaban, bajo un aspecto u otro, estimaciones asimétricas "indica Pouyet. El equipo luego identificó un nuevo conjunto de marcadores que coincidían, esta vez, con todos los criterios de neutralidad, utilizando dos conjuntos de datos genómicos completos de más de cien individuos en total. Este conjunto de datos neutral ahora se ha puesto a disposición de los humanos, pero el método podría en teoría ser utilizado para encontrar dichos marcadores en cualquier otra especie.
pidiendo un nuevo examen de estudios genéticos
¿Cómo ha afectado el uso de marcadores no neutrales a las inferencias demográficas hasta el momento? Para obtener una evaluación inicial de la situación, el equipo comparó los resultados del uso de marcadores no neutrales versus neutrales en el contexto de la África contemporáneay las poblaciones japonesas. "Descubrimos que tal sesgo podría llevar a uno a inferir erróneamente que las poblaciones de tamaño constante han crecido, o pasar por alto los eventos que reducen drásticamente el tamaño de una población", señala Excoffier. "Si bien la naturaleza y el alcance de laEl sesgo es difícil de predecir para una población dada, una cosa que es segura es que la demografía de todas las poblaciones humanas debe ser reexaminada sobre la base del nuevo conjunto de marcadores neutrales. En realidad, no solo la demografía: una referencia neutral sesgada también podríaafectar la medida del impacto de las mutaciones ", concluye.
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Materiales proporcionado por Instituto Suizo de Bioinformática . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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