Los científicos del Instituto Allen y la Universidad de Washington han desarrollado una nueva técnica de bajo costo para perfilar la expresión génica en cientos de miles de células. La secuenciación de transcriptomas basada en ligadura de grupo dividido SPLiT-seq es una técnica escalable para caracterizar el ARNen células individuales que pueden usarse para identificar los diversos tipos de células que se encuentran en el cerebro y otros tejidos. La investigación se publica esta semana en la revista ciencia .
"Para comprender cualquier sistema biológico multicelular, necesitamos comprender sus componentes básicos, sus células", dijo Bosiljka Tasic, científico del Instituto Allen. "El cerebro contiene muchas células de diferentes formas y tamaños, pero un enfoque universal paracaracterizarlos y clasificarlos no existe. Caracterizar el ARN en células individuales es una forma de clasificar células, pero los métodos existentes son caros y requieren equipo especializado. Dado que SPLiT-seq se puede hacer con equipo básico en cualquier laboratorio, puede llevar a una adopción más ampliay estandarización de la transcriptómica unicelular "
Las técnicas de secuenciación desarrolladas previamente requieren que cada célula se aísle antes de que su ARN se etiquete con un código de barras genético. Con SPLiT-seq, las células nunca se aíslan. En cambio, la célula se usa como un compartimento de aislamiento para su propio ARN. Grupos de célulasse dividen en múltiples grupos donde se agrega un código de barras a su ARN. Este proceso se repite varias veces para dar al ARN de cada célula un código de barras combinatorio único. Esto permite a los investigadores perfilar la expresión génica de muchas células al mismo tiempo y clasificarlasen tipos
"Para este proyecto, utilizamos SPLiT-seq para perfilar más de 150,000 células en el cerebro y la médula espinal de ratones en desarrollo, y definimos muchos marcadores moleculares nuevos para un tipo de célula específico", dijo Georg Seelig, biólogo sintético del Departamentode Ingeniería Eléctrica y la Escuela de Ciencias de la Computación e Ingeniería Paul G. Allen de la Universidad de Washington ". Nuestros experimentos cuestan solo un centavo por celda. SPLiT-seq reduce significativamente la barrera para los laboratorios que desean hacer un perfil de celda única pero pueden"no puede permitirse equipo costoso y especializado "
"Muchas enfermedades, como el Alzheimer y el Parkinson, comienzan con la disfunción de ciertos tipos de células", dijo Tasic. "La comprensión de cuáles son esos tipos y qué genes han salido mal conducirá a una mejor comprensión de cómo comienzan y progresan estas enfermedadesy cómo tratarlos "
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Instituto Allen . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
Referencia del diario :
Cite esta página :