Hoy se lanza un nuevo Atlas de Patología con un análisis de todos los genes humanos en todos los cánceres principales que muestra la consecuencia de sus niveles de proteínas correspondientes para la supervivencia general del paciente. La diferencia en los patrones de expresión de los cánceres individuales observados en el estudio refuerza la necesidad detratamiento personalizado del cáncer basado en medicina de precisión. Además, el enfoque de nivel de sistemas utilizado para construir el Atlas de Patología demuestra el poder de los "grandes datos" para cambiar la forma en que se realiza la investigación médica.
El sueño del tratamiento personalizado para pacientes con cáncer da un gran paso adelante hoy con el lanzamiento por parte de investigadores suecos del Atlas de Patología Humana. Publicado en ciencia 1, el Atlas se basa en el análisis de 17 tipos principales de cáncer utilizando datos de 8,000 pacientes. Además, se introduce un nuevo concepto para mostrar los datos de supervivencia del paciente, llamado diagramas de dispersión de supervivencia interactiva, y el atlas incluye más de 400,000Se utilizó un centro nacional de supercomputadoras para analizar más de 2.5 petabytes de datos subyacentes disponibles públicamente del Cancer Genome Atlas TCGA para generar más de 900,000 gráficos de supervivencia que describen la consecuencia de los niveles de ARN y proteínas en la supervivencia clínica.contiene 5 millones de imágenes basadas en patología generadas por el consorcio Human Protein Atlas.
El profesor Mathias Uhlen, director del consorcio Human Protein Atlas y líder del esfuerzo de Pathology Atlas dice: "Este estudio difiere de las investigaciones anteriores sobre el cáncer, ya que no se centra en las mutaciones en los cánceres, sino en los efectos posteriores de tales mutacionestodos los genes que codifican proteínas. Mostramos, por primera vez, la influencia de los niveles de expresión génica que demuestran el poder de los "grandes datos" para cambiar la forma en que se realiza la investigación médica. También muestra la ventaja de las políticas de acceso abierto en la ciencia en las quelos investigadores comparten datos entre sí para permitir la integración de grandes cantidades de datos de diferentes fuentes ".
El artículo de investigación en ciencia 1 informa varios hallazgos importantes relacionados con la biología y el tratamiento del cáncer. En primer lugar, una gran fracción de genes se expresa de manera diferencial en los cánceres, y en muchos casos, tiene un impacto en la supervivencia general del paciente. La investigación también mostró que los patrones de expresión génicaEl número de tumores individuales varió considerablemente y podría exceder la variación observada entre los diferentes tipos de cáncer. La supervivencia más corta del paciente generalmente se asoció con la regulación positiva de los genes involucrados en la mitosis y el crecimiento celular, y la regulación negativa de los genes involucrados en la diferenciación celular.los investigadores generarán modelos metabólicos personalizados a escala del genoma para pacientes con cáncer para identificar genes clave involucrados en el crecimiento tumoral.
El trabajo depende en gran medida del poder de supercomputación disponible para el consorcio Human Protein Atlas a través del Laboratorio Science for Life SciLifeLab. Según el Dr. Adil Mardinoglu, SciLifeLab Fellow y líder del esfuerzo de biología de sistemas en el proyecto: "Somosahora en posesión de herramientas de biología de sistemas increíblemente poderosas para la investigación médica, que permiten, por primera vez, el análisis de todo el genoma de pacientes individuales con respecto a la consecuencia de sus perfiles de expresión para la supervivencia clínica ".
El equipo de Pathology Atlas también buscó demostrar la utilidad de la nueva herramienta en dos cánceres particulares. "Para el cáncer de pulmón y colorrectal, una selección de genes pronósticos identificados en el Atlas también se analizaron en cohortes de cáncer independientes y prospectivas usando inmunohistoquímica para validarlos patrones de expresión génica a nivel de proteínas ", dice Fredrik Ponten, profesor de Patología de la Universidad de Uppsala." Nos complace proporcionar un recurso de acceso abierto independiente para investigadores de cáncer en todo el mundo, que esperamos les ayude a acelerar sus esfuerzos para encontrarlos biomarcadores necesarios para desarrollar tratamientos personalizados contra el cáncer "
El Atlas de Patología está disponible a través de una base de datos interactiva de acceso abierto.
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Materiales proporcionados por KTH, Real Instituto de Tecnología . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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