Todos los días, más de 3.000 resúmenes nuevos se cargan en PubMed, la principal base de datos de referencia de literatura biomédica. Incluso en el campo estrechamente definido de un investigador, es imposible mantenerse al tanto de las redes de interconexiones en constante evolución entre estos documentos.Por ejemplo, se describe un nuevo gen: ¿podría ser relevante para la especialidad de un investigador? Podría llevar muchas horas de búsqueda minuciosa descubrir la respuesta. Ahora, una nueva herramienta desarrollada en el laboratorio AC Tan del Centro de Cáncer de la Universidad de Colorado ydescrito hoy en la revista Bioinformática ayuda a los investigadores a hacer estas conexiones. La herramienta gratuita, HiPub, está disponible para descargar como complemento para el navegador web Chrome.
"HiPub revisa todo este texto e intenta reconocer lo que se llama genes, proteínas, medicamentos y enfermedades. Extrae esta información y la visualiza en una red. Especialmente en biología molecular o biología del cáncer, es útil ver las conexionesentre estas cosas en su contexto biológico ", dice Aik Choon Tan, PhD, investigador en el CU Cancer Center y profesor asociado en la CU School of Medicine.
Tan da el ejemplo de un investigador hipotético que lee un artículo que explora los genes KRAS y MEK, conocidos por influir en el desarrollo de ciertos tipos de cáncer. "El investigador quiere saber si estos genes tienen alguna relevancia para su especialidad, tal vez algo como p53[otro gen conocido por influir en el cáncer] "
El investigador consulta "P53" junto con el nuevo artículo y HiPub visualiza cómo se conecta el interés del investigador con los genes en este nuevo documento. Si las conexiones parecen convincentes, el investigador podría diseñar experimentos para probar estos enlaces.
"La idea de la minería de texto no es nueva", dice Tan. "Los informáticos lo han estado haciendo durante diez o veinte años. Pero la aplicación real de la minería de texto en la investigación biomédica es muy limitada. HiPub es una forma de usarminería de texto para agilizar el proceso de descubrimiento de conocimiento "
El proyecto es una colaboración entre Tan y sus colegas del Departamento de Ciencias de la Computación e Ingeniería de la Universidad de Corea en Seúl, Corea, incluido el primer autor Kyubum Lee y el coautor principal, el profesor Jaewoo Kang. La Universidad de Corea alberga la página de descripción de HiPub http://hipub.korea.ac.kr/ que incluye el enlace de descarga y la guía del usuario.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Campus Médico Anschutz de la Universidad de Colorado . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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