Investigadores del Centro de Regulación Genómica CRG han lanzado una nueva base de datos para avanzar en los esfuerzos de investigación internacional que estudian COVID-19.
El recurso gratuito de uso público http://covid.crg.eu puede ser utilizado por investigadores de todo el mundo para estudiar cómo las diferentes variaciones del virus crecen, mutan y producen proteínas.
"Los científicos están trabajando las 24 horas para comprender el SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, para que podamos encontrar sus puntos débiles y vencerlo. Se está publicando una gran cantidad de datos científicos en todo el mundo".dice Eva Novoa, investigadora del CRG en Barcelona.
"Sin embargo, algunas de las tecnologías que utilizamos para estudiar el SARS-CoV-2, como la secuenciación de ARN de nanoporos, son tan nuevas que los resultados de un artículo no son comparables a otro debido al mosaico de diferentes estándares y metodologías utilizadas"Estamos tomando todos estos datos y analizándolos para que cumplan con un estándar más universalmente comparable. Esto ayudará a los investigadores a detectar con mayor rapidez y precisión las fortalezas y debilidades del coronavirus".
Para comprender cómo crece, muta y se replica el coronavirus, los científicos deben secuenciar el ARN de COVID-19. La secuencia de ARN revela información crucial sobre las proteínas que el virus produce para invadir las células humanas y replicarse, lo que a su vez informa a los gobiernos sobreinfecciosidad y severidad de la pandemia.
Las herramientas de secuenciación tradicionales pueden llevar mucho tiempo para proporcionar resultados. En los últimos años, la secuenciación de datos en tiempo real se ha convertido en una realidad gracias al uso de tecnologías de secuenciación de nanoporos, revolucionando la investigación genómica y el monitoreo de brotes de enfermedades. La secuenciación de nanoporosas proporciona a científicos y médicoscon acceso inmediato a la información de secuencia de ADN y ARN de cualquier célula viva en tiempo real, lo que permite una respuesta rápida contra la amenaza de una pandemia.
Sin embargo, los datos brutos producidos por la secuenciación de nanoporos son altamente complejos. Los científicos y los médicos carecen actualmente de directrices sistemáticas para el análisis reproducible de los datos, lo que limita el vasto potencial de la tecnología naciente.
Para estandarizar el análisis de los datos de secuenciación de nanoporos SARS-CoV-2 disponibles al público, los investigadores del Centro de Regulación Genómica CRG en Barcelona están utilizando MasterOfPores, un programa informático desarrollado por el grupo de Eva Novoa y la Unidad de Bioinformática CRG.el software se describió por primera vez la semana pasada en Fronteras en genética .
"Internet y una creciente cultura de la ciencia abierta, el intercambio de datos y las preimpresiones han transformado el panorama de la investigación. La infraestructura que llevaría meses configurar para investigar un virus emergente ahora se puede hacer en solo unos días debido a la nueva informática científicaenfoques ", dice Julia Ponomarenko, Jefa de la Unidad de Bioinformática en el CRG.
MasterOfPores se puede ejecutar en cualquier sistema operativo compatible con Unix en una computadora, clúster o nube sin la necesidad de instalar ningún software adicional o dependencias, y está disponible gratuitamente en Github. El recurso de uso público y gratuito actualmente tieneanalizaron 3 TB de datos de secuenciación de ARN de nanoporos SARS-CoV-2. Los investigadores de CRG continuarán actualizando el recurso con nuevos datos tan pronto como esté disponible.
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Materiales proporcionado por Centro de Regulación Genómica . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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