El uso de identificadores de recursos de investigación RRID ayuda a reducir el uso inadecuado de líneas celulares en estudios biomédicos, según un estudio publicado hoy en eLife .
Los resultados sugieren que el uso continuo de RRID en la literatura científica permitirá un mejor informe de líneas celulares y otros materiales de investigación en publicaciones, lo que a su vez ayudaría a futuros esfuerzos de reproducibilidad.
Las líneas celulares se usan ampliamente en las ciencias biológicas. Su capacidad para multiplicarse indefinidamente significa que los científicos pueden, en teoría, replicar exactamente estudios previos y aprovechar los resultados. Pero el etiquetado incorrecto o el mal manejo pueden conducir a una identificación, contaminación y / o distribución erróneasde líneas celulares problemáticas, que a su vez pueden afectar la validez de los datos de investigación.
"Los RRID deberían ayudar a reducir este uso indebido de las líneas celulares", explica la coautora principal Zeljana Babic, estudiante de posgrado en el Centro de Investigación en Sistemas Biológicos, Universidad de California, San Diego, EE. UU. "Estos identificadores únicos pueden serincluidos en la sección de métodos de un trabajo de investigación para definir la línea celular, el anticuerpo, el organismo transgénico o el software utilizado. Pueden alertar a los investigadores sobre los recursos que señalan líneas celulares problemáticas, como la base de datos Cellosaurus ".
"La base de datos Cellosaurus es el recurso de conocimiento más completo sobre líneas celulares", dice Amos Bairoch, profesor de la Universidad de Ginebra y líder del grupo en el Instituto Suizo de Bioinformática. "Los RRID para líneas celulares son creados por esta base de datos autorizada".
Amanda Capes-Davis, Presidenta del Comité Internacional de Autenticación de Líneas Celulares ICLAC, agrega: "Las líneas celulares mal identificadas son un problema importante en la literatura científica. Si los investigadores son alertados sobre la identificación errónea de una línea celular antes de publicar,¿aún informan datos de esa línea celular? "
En su estudio, el equipo usó un algoritmo de procesamiento de lenguaje natural para extraer textos de las secciones de métodos de aproximadamente dos millones de artículos científicos en PubMed Central. Usaron el algoritmo para identificar documentos que incluían RRID y aquellos que enumeraban líneas celulares, y luego compararoncon qué frecuencia aparecieron líneas celulares mal identificadas en estas dos muestras.
Identificaron 305,161 nombres únicos de líneas celulares en 150,459 artículos, y estimaron que el 8.6% de ellos estaban en la lista de líneas celulares problemáticas. Por otro lado, solo el 3.3% de las líneas celulares en los 634 documentos que incluyeron RRID fueronen la lista problemática. Esto sugiere que el uso de RRID está asociado con un menor uso informado de líneas celulares problemáticas.
"Pero debemos ser cautelosos al interpretar estos resultados", explica la autora principal Anita Bandrowski, directora ejecutiva de SciCrunch y líder del proyecto en el Centro de Investigación en Sistemas Biológicos, Universidad de California, San Diego ". El uso de líneas celulares en elLa lista problemática no significa automáticamente que una línea dada se esté empleando de manera inadecuada. Además, la lista incluye líneas celulares que han sido etiquetadas con el tipo incorrecto de cáncer, pero que aún pueden usarse de manera segura si los investigadores conocen la verdadera identidad de la línea"
El equipo agrega que es importante revisar la evidencia subyacente a los hallazgos y hacer un juicio considerado con respecto a su impacto en el trabajo publicado. "Los recursos de líneas celulares, como Cellosaurus y el registro ICLAC de líneas celulares mal identificadas, se han desarrollado para"Mejora el conocimiento de la información de la línea celular", concluye Bandrowski. "Esperamos que la inclusión de RRID resulte en un mejor uso de estos recursos y una mejor presentación de informes de todos los materiales de investigación en publicaciones futuras".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por eLife . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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