En el cáncer, una de las características más importantes es la metilación de la desoxicitosina para formar 5-metilcitosina 5 mC. La metilación del ADN es un proceso mediante el cual los grupos metilo unidades estructurales de compuestos orgánicos que consisten en tres átomos de hidrógeno unidos a un átomo de carbono se agregan a la molécula de ADN.
Se ha demostrado que el patrón de aparición y distribución de 5 mC es crucial para la regulación génica y puede servir como biomarcadores importantes para el diagnóstico. Por lo tanto, investigar la relación entre la metilación y la transcripción del ADN el primer paso de la expresión génica es importante para la interpretaciónde respuestas celulares y desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas.
Los análisis exhaustivos de metilación y transcripción del ADN han proporcionado grandes cantidades de datos; sin embargo, es difícil identificar genes críticos relacionados con el desarrollo del cáncer a partir de estos datos. Para ese fin, un equipo de investigadores de la Universidad de Osaka transformó el gran volumen de datos en unfunción suave que utiliza funciones gaussianas para extraer información adecuada de los datos, información que sirve como un valor representativo de la metilación de 5 mC.
"Los tumores contienen una subpoblación de células, llamadas células madre cancerosas CSC, que se renuevan por sí mismas y son tumorigénicas y juegan un papel en la resistencia contra la quimioterapia y la radioterapia", explica Masamitsu Konno, primer autor del estudio publicado en Informes científicos . "Por lo tanto, nuestro objetivo fue determinar los métodos eficientes de identificación de objetivos terapéuticos utilizando un modelo CSC de la enzima ornitina descarboxilasa para caracterizar eventos intracelulares basados en los 5 mC".
El nuevo enfoque computacional integra el nivel de expresión génica y los datos de modificación de la metilación, lo que permite a los investigadores identificar con éxito TRAF4 como un gen importante para la quimiorresistencia. A través del método, también se determinó la efectividad de los medicamentos para el cáncer gastrointestinal humano, incluido el cáncer de esófago.Se ha informado sobre la expresión anormal de TRAF4 en ciertos tipos de cáncer, incluidos los de mama, pulmón y próstata, pero este es el primer estudio que muestra que TRAF4 es importante para la posible regulación de las funciones en las CSC del cáncer de esófago humano.
"Nuestro método matemático se puede utilizar para cuantificar e identificar simultáneamente los objetivos potenciales quimiorresistentes en las células madre del cáncer gastrointestinal", dice el autor correspondiente Yuichiro Doki. "Nuestros resultados no solo proporcionan información valiosa para el desarrollo de nuevas terapias para el cáncer de esófago, sino que tambiéntambién respaldan la justificación de la detección a gran escala de objetivos terapéuticos del desarrollo de fármacos CSC ".
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Materiales proporcionado por Universidad de Osaka . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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