Los científicos de la Universidad de Nottingham han demostrado por primera vez que es posible secuenciar selectivamente fragmentos de ADN en tiempo real, lo que reduce en gran medida el tiempo necesario para analizar muestras biológicas.
Un artículo publicado hoy en la revista académica Métodos de la naturaleza describe una técnica novedosa para la secuenciación de ADN altamente selectiva, llamada 'Leer hasta'. El método, utilizado con la secuenciación de nanoporos en tiempo real, permite al usuario analizar solo cadenas de ADN que contienen firmas predeterminadas de interés.
El Dr. Matt Loose, del Grupo de Investigación de Biología Celular y del Desarrollo en la Facultad de Ciencias de la Vida de la Universidad, ha estado trabajando con MinION, una nueva tecnología portátil de secuenciación de ADN producida por la compañía de biotecnología Oxford Nanopore Technologies. Todas las secuencias se llevaron a cabo en TheCentro de secuenciación de próxima generación de la Universidad de Nottingham, DeepSeq.
"Esta es la primera vez que se muestra la selección directa de moléculas de ADN específicas en cualquier dispositivo", dijo el Dr. Loose. "Esperamos que permita muchas aplicaciones novedosas futuras, especialmente para la secuenciación portátil. Esto hace que la secuenciación sea tan eficiente comoposible y proporcionará una alternativa viable basada en informática a las técnicas tradicionales de enriquecimiento en laboratorio húmedo. La aplicación de este enfoque a una gran cantidad de problemas, desde la detección de patógenos hasta la secuenciación de regiones específicas del genoma humano, ahora está al alcance ".
El dispositivo MinION de bolsillo, la misma tecnología que la NASA envió recientemente a la Estación Espacial Internacional en un esfuerzo por investigar si la secuenciación de ADN es posible en microgravedad, emplea pequeños poros moleculares en una membrana que 'detecta' la secuencia deFragmentos de ADN que pasan a través de estos nanoporos, produciendo fluctuaciones diminutas en un rastro actual. Estos rastros actuales, denominados 'garabatos', luego deben convertirse en bases de ADN utilizando un software de llamada base, a menudo ubicado en la nube. El equipo de la Universidad de Nottingham utilizó el procesamiento de señalestécnicas para mapear estos garabatos a secuencias de referencia, pasando este paso.
En el documento, el equipo de Nottingham va más allá, mostrando que esta técnica de igualación de garabatos se puede realizar a una velocidad que permita tomar decisiones sobre el fragmento de ADN que se está secuenciando antes de que haya pasado completamente a través del nanoporo. Dependiendo dela secuencia, los nanoporos individuales dentro del MinION pueden recibir instrucciones de continuar secuenciando o expulsar el fragmento de ADN actual y comenzar a secuenciar otro. El equipo de Nottingham muestra que esta 'secuenciación selectiva en tiempo real', o como algunos lo han llamado 'prueba de ADN', puede reducir el tiempo necesario para secuenciar fragmentos clave de ADN o permitir el análisis de muestras de patógenos donde hay un huésped y otro ADN presente en la muestra.
El método / técnica Leer hasta se desarrolló aplicando una deformación dinámica del tiempo para hacer coincidir las trazas actuales de consultas cortas con referencias, demostrando la selección de regiones específicas de genomas pequeños, amplicones individuales de un grupo de objetivos o la normalización de amplicones en un conjunto.
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Materiales proporcionados por Universidad de Nottingham . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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