La cantidad de información que crea un investigador del genoma y que constituye la base de su trabajo científico ha crecido un millón de veces durante las últimas dos décadas. Hoy, el desafío no consiste en crear los datos, sino en explorarlos y deducirlos de manera significativaconclusiones. Creemos que esta herramienta analítica, que hemos llamado "EaSeq" puede ayudar a los investigadores a hacerlo, dice el profesor asociado Klaus Hansen
secuenciación de ChIP: una visión del flujo de trabajo de las células humanas
El software EaSeq se ha desarrollado para el análisis de la denominada secuenciación ChIP. La secuenciación de ADN se utiliza para mapear la secuencia de los pares de bases, en los que se compone nuestro ADN, y la secuenciación de ChIP es un método derivado en el que las secuencias se utilizan para determinarla presencia de diferentes componentes celulares en el genoma en un momento dado.
Hablando en términos generales, la secuenciación de ChIP se puede comparar con un microscopio, lo que nos permite observar la presencia de diferentes componentes celulares en todo el genoma en un momento dado. El método aún es bastante joven y tiene el potencial de aplicarse dentro de muchos máscampos científicos, que pueden beneficiarse de la comprensión de cómo las células sanas y patológicas controlan y usan genes, dice el profesor asociado Mads Lerdrup
Mejores herramientas analíticas significa una gama más amplia de aplicaciones
Si bien la secuenciación de ChIP ha permitido producir enormes cantidades de datos muy rápido, el análisis de estos datos ha sido, hasta ahora, un proceso tedioso. La mayor parte del software analítico utilizado requiere conocimiento de programación de computadoras y los investigadores tienenpor lo tanto, ha dependido de especialistas para decodificar y analizar sus datos. EaSeq ofrece una alternativa mucho más visual e intuitiva, que hace posible que los investigadores biomédicos estudien y prueben hipótesis utilizando sus propios datos. Esto significa que en lugar de esperar durante semanasotros para llevar a cabo un análisis, los investigadores podrán realizar los análisis ellos mismos en cuestión de horas.
Hoy, la secuenciación de ADN está ganando terreno dentro del área clínica donde se está utilizando, por ejemplo, para el diagnóstico y la focalización del tratamiento dentro del área del cáncer. Los desarrolladores de EaSeq ven perspectivas similares para la secuenciación de ChIP en el trabajo clínico, y en ese contexto son fuertesLas herramientas analíticas serán fundamentales.
"La secuencia de ADN en sí misma nos dice muy poco acerca de cómo las células decodifican el ADN real, y para comprender esto necesitamos mapear qué componentes celulares están presentes en diferentes partes del genoma en un momento específico. Es nuestra esperanza que podamosAl aumentar la viabilidad, los investigadores pueden descubrir más rápidamente ese conocimiento y aplicarlo clínicamente ", dice el profesor asociado Mads Lerdrup.
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Materiales proporcionado por Universidad de Copenhague, Centro de Investigación e Innovación Biotecnológica . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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