Las mutaciones difíciles de estudiar en el genoma humano, llamadas repeticiones en tándem cortas, conocidas como STR o microsatélites, están implicadas en la expresión de genes asociados con rasgos complejos que incluyen esquizofrenia, enfermedad inflamatoria intestinal e incluso altura e inteligencia.
Esa es la conclusión de un estudio publicado en la edición del 1 de noviembre de Genética de la naturaleza por un equipo de investigadores de la Universidad de California en San Diego. Fueron dirigidos por Melissa Gymrek, profesora de informática y medicina de UC San Diego, y Alon Goren, profesor de medicina de UC San Diego.
Las repeticiones cortas en tándem se componen de secuencias de entre uno y seis de los componentes básicos del ADN, llamados nucleótidos, que se repiten una y otra vez, a veces hasta cientos o miles de veces.
Estas mutaciones ya han sido implicadas en aproximadamente 30 afecciones. La más conocida es quizás la enfermedad de Huntington, que causa la degradación progresiva de las células nerviosas en el cerebro. Aproximadamente 30,000 personas sufren de la afección en los Estados Unidos. Estas personas tienen másmás de 40 copias de una repetición específica, conocida como el trinucleótido CAG. Cuantas más copias tengan, más pronto se verán afectadas por la enfermedad y más grave será.
Pero hasta ahora, principalmente debido a la falta de conjuntos de datos adecuados, los estudios de todo el genoma de los efectos de las repeticiones cortas en tándem sobre la expresión génica solo habían encontrado conexiones limitadas.
En este estudio, al aprovechar la secuenciación del genoma completo y los datos de expresión para 17 tejidos del Proyecto de expresión de tejido genotipo GTEx, el equipo identificó repeticiones cortas en tándem en las que la expresión de genes cercanos se ve afectada por la cantidad de repeticiones repetitivasunidades en el genoma. Los investigadores llamaron a estos eSTR - repeticiones en tándem cortas asociadas a la expresión. Encontraron más de 28,000 repeticiones en tándem cortas asociadas a la expresión en el genoma. Los 28,000 eSTRs se pueden encontrar en http://webstr.gymreklab.com/ El sitio web permite a los usuarios explorar interactivamente los resultados de eSTR, así como información adicional para cada STR, incluidas las tasas de mutación y la variación genética en diferentes poblaciones.
El grupo luego utilizó métodos estadísticos para medir la probabilidad de que cada uno de estos efectos sea significativo. Al hacerlo, identificaron cientos de tales eSTR que son responsables de los efectos encontrados previamente por estudios de análisis de genoma completo. Los resultados del estudio implican mutaciones repetidas específicasen rasgos que incluyen altura y esquizofrenia, enfermedad inflamatoria intestinal e inteligencia.
"En general, nuestros resultados respaldan la hipótesis de que estas mutaciones contribuyen a una variedad de fenotipos humanos y servirán como un recurso valioso para futuros estudios de rasgos complejos", dijo Gymrek.
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Materiales proporcionado por Universidad de California - San Diego . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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