Una nueva técnica desarrollada por científicos del New York Genome Center NYGC representa un importante paso adelante para la secuenciación de ARN de una sola célula, un campo avanzado de genómica que proporciona información detallada sobre las células individuales y hace posible distinguir entre diferentes célulastipos y para estudiar los mecanismos de la enfermedad a nivel de células individuales.
CITE-seq, o indexación celular de transcriptomos y epítopos mediante secuenciación, combina la medición de marcadores de proteínas de superficie en miles de células individuales con secuenciación simultánea del ARN mensajero ARNm o transcriptomos de esas mismas células individuales.
El estudio de prueba de concepto de los investigadores de NYGC de CITE-seq, publicado hoy en Métodos de la naturaleza monitoreó 10 proteínas de superficie, junto con transcriptomas, de 8,000 células individuales, la demostración a mayor escala del análisis multidimensional de células individuales hasta la fecha.
"Ningún otro método permite mediciones simultáneas de transcriptomos y proteínas en la misma escala", dijo Marlon Stoeckius, PhD, científico investigador en el Laboratorio de Innovación Tecnológica de NYGC, que dirigió el desarrollo de CITE-seq. "CITE-seq se suma a lo ya establecidométodos para el análisis de transcriptoma sin ningún efecto perjudicial en la calidad de los datos generados ".
Los enfoques anteriores dependían de la captura de información de proteínas de células individuales por citometría antes de depositar estas células en placas para la secuenciación de ARN de una sola célula. Los enfoques actuales adolecen de un bajo rendimiento el número de células que se pueden analizar y se limitan anúmero relativamente pequeño de marcadores de proteínas.
El componente de detección de proteínas de CITE-seq se basa en anticuerpos con código de barras de ADN, que producen una lectura secuenciable que se captura junto con el transcriptoma de la célula. La integración de los datos de proteínas y ARN generados por CITE-seq requiere datos personalizadosanálisis, que se desarrolló en estrecha colaboración con el laboratorio de Rahul Satija, PhD, miembro principal de la facultad de la NYGC. Como ejemplo del poder de CITE-seq, los investigadores utilizaron los datos multimodales para identificar subclases de asesino natural NK células que son difíciles de distinguir basándose solo en transcriptomas.
La capacidad de CITE-seq para diseccionar más finamente las poblaciones celulares tiene muchas aplicaciones potenciales en la investigación clínica. "Una posible dirección futura es usar CITE-seq en muestras tumorales para examinar tanto las células tumorales individuales como los diferentes grupos de células inmunes queinfiltrarse en el tumor. Este enfoque podría ser muy útil en la caracterización profunda de la heterogeneidad tumoral y en el desarrollo de nuevos enfoques inmunoterapéuticos ", dijo el Dr. Stoeckius.
El Laboratorio de Innovación Tecnológica es una incubadora dedicada dentro del NYGC compuesta por un equipo multidisciplinario en el que los científicos y el profesorado, así como muchos colaboradores de investigación, pueden explorar y probar herramientas e ideas genómicas innovadoras. Los coautores del NYGC en el CITE-Seq estudio incluyen Christoph Hafemeister, PhD, Investigador Asociado Postdoctoral, Satija Lab; William Stephenson, PhD, Ingeniero de Investigación Senior, Innovación Tecnológica; Brian Houck-Loomis, PhD, Gerente, Innovación Tecnológica; Harold Swerdlow, PhD, Vicepresidente, Secuenciación; RahulSatija, PhD, Miembro de la Facultad Central y Profesor Asistente en el Centro de Genómica y Biología de Sistemas, Universidad de Nueva York; y Peter Smibert, PhD, Gerente, Innovación Tecnológica.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Centro del genoma de Nueva York . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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