Una nueva base de datos disponible públicamente catalogará metadatos asociados con muestras biológicas, lo que facilitará a los investigadores compartir y reutilizar datos genéticos para análisis ambientales y ecológicos.
El recurso, llamado Metadatabase de Observatorios Genómicos GeOMe, fue desarrollado por investigadores del Museo Nacional de Historia Natural del Smithsonian y otros ocho museos e instituciones de investigación. Vincula datos genéticos disponibles públicamente con registros de dónde y cuándo se recolectaron las muestras,proporcionar información contextual que hasta ahora faltaba en bases de datos ampliamente compartidas. Dicha información es crítica para comparar la biodiversidad en diferentes lugares del mundo y rastrearla a lo largo del tiempo. Pero a pesar de los llamados para un mayor intercambio de datos dentro de la comunidad investigadora, los investigadores hasta ahora carecían de las herramientaspara que esta información esté fácilmente disponible.
Los desarrolladores de la base de datos, descritos el 3 de agosto en la revista PLOS Biología , dijo que estandarizar y preservar estos metadatos mejorará en gran medida el valor de los datos de secuencia genética que los investigadores ya están recopilando. Con GeOMe, los investigadores podrán encontrar y acceder a datos genéticos recopilados en momentos y lugares específicos en cualquier parte del mundo, permitiendohacer preguntas importantes sobre la estructura y la sostenibilidad de la vida en el planeta. Por ejemplo, podrían investigar cómo los habitantes de una altitud específica en todo el mundo han cambiado a medida que el clima del planeta ha cambiado.
"El seguimiento de la biodiversidad a través del cambio global es un esfuerzo de colaboración", dijo Christopher Meyer, un zoólogo investigador del Museo Nacional de Historia Natural que ayudó a liderar el desarrollo de GeOMe. "No podemos hacerlo por nuestra cuenta. GeOMe avanzará grandes datosy descubrimiento para el futuro, permitiendo que la suma de los esfuerzos científicos supere con creces los productos de investigación individuales ".
Los científicos que analizan muestras ecológicas, ya sean plantas o animales o comunidades enteras de microbios, recolectadas de los océanos, agua dulce o tierra, tienen sus propios sistemas para realizar un seguimiento de cuándo se recolectaron esas muestras. Pero paraEn una comunidad de investigación más amplia, dicha información ha sido difícil de obtener e imposible de buscar exhaustivamente. GeOMe proporciona una solución al vincular permanentemente la información sobre el contexto temporal, ambiental, geoespacial y académico de las muestras con los datos de secuencia genética almacenados por el Centro Nacional de Información Biotecnológica.
Meyer dijo que él y sus colegas dedicaron el tiempo y los recursos al desarrollo de GeOMe porque sabían que sería una herramienta poderosa para acelerar el descubrimiento. Como científicos del museo, reconocen el valor de rastrear y preservar la información. Y como líder en adquisición yLa difusión del conocimiento sobre la biodiversidad, dijo Meyer, era importante para el Museo Nacional de Historia Natural para desempeñar un papel clave.
Los desarrolladores de GeOMe, incluidos Eric Crandall en la Universidad Estatal de California, Monterey Bay, Michelle Gaither en el Instituto de Biología Marina de Hawai y John Deck en los Museos de Historia Natural de Berkeley, han trabajado para garantizar que el recurso sea fácil de usar y adaptablepara una amplia gama de necesidades. Con la base de datos y el conjunto de herramientas disponibles gratuitamente para la comunidad investigadora, las revistas científicas ahora pueden exigir que los autores pongan sus metadatos a disposición en un formato de búsqueda y estandarizado, tal como lo han hecho durante mucho tiempo para los datos de secuencia genética, dijeron.
Es importante destacar que el equipo señala que los datos en GeOMe se ajustarán a los estándares desarrollados por el Consorcio de Estándares Genómicos y la organización de Estándares de Información sobre Biodiversidad, asegurando que los remitentes capturen y registren la misma información esencial sobre cada muestra., los investigadores podrán realizar análisis a través de conjuntos de datos.
"[Nuestro conocimiento de] la biodiversidad se está escribiendo a través de datos genómicos, pero los datos no significan mucho a menos que pueda ponerlos en contexto", dijo Meyer. "Si no comenzamos a implementar una herramienta como esta ahora, nuestros datos serán menos útiles a perpetuidad "
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Smithsonian . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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