Los científicos enfrentan muchas limitaciones al embarcarse en nuevos proyectos. A menudo, la mayor restricción es un pequeño presupuesto. Es por eso que un equipo de científicos dirigido por investigadores de la Universidad de Florida recientemente trabajó para hacer que un aspecto de la investigación genética sea más barato y fácil.dos artículos complementarios publicados en un número reciente de Aplicaciones en Ciencias de las plantas , han proporcionado directrices para proyectos de investigación que utilizan microsatélites y un recurso de más de cinco millones de microsatélites para su uso en una amplia variedad de especies de plantas.
Los microsatélites son marcadores genéticos que juegan un papel cada vez más importante en el análisis del genoma de las plantas. Los fitomejoradores pueden usarlos para detectar la presencia de los genes deseados al realizar cruces. Los genetistas pueden usarlos para descubrir relaciones entre individuos y poblaciones. Los biólogos moleculares pueden usarpara construir mapas del genoma. Los microsatélites han ganado popularidad porque pueden ser fácilmente detectados por PCR, y son abundantes y ampliamente distribuidos por todo el genoma.
"Los marcadores genéticos son una herramienta fantástica para cuantificar la biodiversidad. Todavía solo hemos nombrado un pequeño porcentaje de las especies en el planeta y mucho menos las hemos estudiado en detalle, y hay mucho más trabajo por hacer para comprender la diversidad devida en nuestro planeta ", explica Richard Hodel, un candidato a doctorado en el Departamento de Biología de la Universidad de Florida.
Los investigadores identificaron los microsatélites utilizando datos de secuencia del Proyecto de los mil transcriptomos de las plantas. Abreviado como 1KP, el proyecto ha contribuido en gran medida a la cantidad de genomas de plantas disponibles para la comunidad investigadora. La base de datos en línea actualmente contiene 1334 muestras de transcriptomas de plantas verdesespecies.
"Sentimos que había un enorme recurso simplemente ahí fuera, el proyecto 1KP, que podría usarse para ayudar a la comunidad de investigadores de plantas", explica Hodel.
Este documento también describe cómo los datos genéticos disponibles, como los proporcionados por el proyecto 1KP y otros archivos de secuencia, pueden usarse para fines más allá de su intención original, como el desarrollo de marcadores.
"A menudo, una barrera inicial para comenzar un proyecto es asegurar fondos para desarrollar marcadores genéticos, si no hay ninguno disponible para el sistema de estudio de interés. Nuestro recurso de microsatélites permitirá a los investigadores buscar loci disponibles para una amplia gama de especies, gratis."
En el documento complementario, Hodel y sus colegas compararon la utilidad de los microsatélites con las tecnologías de secuenciación de próxima generación y las tecnologías emergentes como el genotipado por secuenciación GBS y la secuenciación de ADN asociada al sitio de restricción RAD-Seq. Descubrieron que los microsatélites son másrentable para proyectos de investigación de bajo presupuesto y para investigadores con muestras de ADN de menor calidad. La revisión indica que los microsatélites pueden ser más asequibles que los métodos más nuevos, especialmente si los loci ya están desarrollados. El documento incluye un presupuesto en un apéndice, paradar una idea aproximada de cuánto podría costar cierto estudio.
"Escribimos esto para cualquier persona que esté comenzando un proyecto de investigación utilizando marcadores genéticos. Supongo que siempre pensé en mí cuando estaba comenzando mi doctorado y tuve que diseñar un proyecto. Traté de recordar qué consejo me gustaría escuchar cuandoEstaba comenzando un proyecto de tesis. Sin embargo, no solo estábamos considerando a los estudiantes al escribir esta guía, sino que el objetivo era brindar a las personas orientación práctica y permitirles considerar todas sus opciones ", dice Hodel.
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Materiales proporcionados por Sociedad Botánica de América . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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