Comprender la diversidad genética y la dinámica evolutiva de los organismos puede tener implicaciones importantes para diseñar esfuerzos de conservación exitosos y comprender los posibles efectos del cambio climático futuro. Para los científicos que buscan iluminar estas dinámicas y descubrir la diversidad genética dentro de las especies vegetales, los microsatélites son una herramienta de uso frecuenteEstos segmentos repetidos de secuencias de ADN ofrecen una visión de la historia evolutiva de los organismos a una escala muy fina, proporcionando una fuente de datos valiosa para estudios a nivel de población.
"Sin embargo, estos marcadores no están exentos de problemas potenciales", advierte la Dra. Charlotte Germain-Aubrey, científica del Museo de Historia Natural de Florida y autora principal de un estudio en un número reciente de Aplicaciones en Ciencias de las plantas . El estudio, una colaboración entre científicos de la Universidad de Florida, tiene como objetivo proporcionar una comprensión más profunda de la utilidad y los problemas del uso de fragmentos de longitud, repeticiones y regiones flanqueantes de marcadores de microsatélites para estudios genéticos de conservación.
"Varios estudios han examinado e informado sobre los sesgos asociados con el uso del genotipo de microsatélites", dice Germain-Aubrey. "El uso generalizado de estos marcadores para estudios genéticos nos llevó a explorar aún más la utilidad y los problemas asociados con el uso de microsatélites. Usamosuna especie de planta en peligro de extinción, Polygala lewtonii , como un caso de prueba "
El problema con los microsatélites se reduce esencialmente a si puede o no inferir con confianza el número relativo de repeticiones entre plantas individuales. Un problema surge cuando una mutación en la región flanqueante causa un cambio en la longitud total del fragmento. Cuando solo se considera la longitud del fragmento, dicha mutación puede imitar la adición o eliminación de una repetición, lo que lleva a conclusiones erróneas. Esto se denomina homoplasia - las similitudes en la longitud de los fragmentos no se deben a su ascendencia compartida, sino a un cambio invisible en un área adyacente a las repeticiones.
Al secuenciar las regiones flanqueantes, Germain-Aubrey y sus colegas pudieron cuantificar la cantidad de homoplasia en su conjunto de datos. "Al contrario de lo que se pensaba anteriormente, descubrimos que la homoplasia puede afectar profundamente los estudios que trabajan incluso en las poblaciones divergentes más recientes".ella explica.
Un resultado importante adicional de este estudio es que los investigadores deben tener cuidado al usar marcadores de microsatélites que fueron diseñados para una especie diferente. El equipo descubrió que la cantidad de homoplasia se vuelve cada vez más problemática cuando se consideran múltiples especies o al usar marcadores diseñados para un taxónaparte de la especie objetivo ". A menudo, es tentador usar marcadores que se desarrollaron previamente para una especie estrechamente relacionada. Sugerimos encarecidamente que al hacer esto, los investigadores tomen el tiempo para secuenciar a varios individuos de sus especies de estudio usando estos marcadores antes de seguir adelantecon el estudio ", concluye Germain-Aubrey.
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Materiales proporcionados por Sociedad Botánica de América . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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