Actualmente, hay muchas bases de datos públicas disponibles para todos en el campo de las ciencias de la vida, pero hay muchos problemas cuando intenta usarlas, es decir, no sabe qué usar, cómo usar e incluso dónde encontrar una necesariaUno. Especialmente los datos de expresión génica tienen una situación compleja, ya que existen varios métodos de medición desarrollados por diferentes grupos de investigación y los datos se acumulan exponencialmente en aras de la invención del microarray de ADN, que mide el nivel de expresión génica no solo para los genes de interés.pero también en un área amplia del genoma. Los investigadores necesitan encontrar un conjunto representativo de datos de nivel de expresión génica o datos de referencia para comenzar su experimento, pero se enfrentan a una cantidad desconcertante de datos de expresión génica.
Un grupo de investigadores del Centro de Bases de Datos para Ciencias de la Vida DBCLS y el Instituto Nacional de Genética ambos en la Organización de Investigación de Información y Sistemas ha desarrollado una herramienta web RefEx que facilita la búsqueda y visualización de los niveles de expresión génica decada gen para encontrar una referencia para el análisis de expresión génica.
RefEx contiene los datos de tres tipos de organismos, humanos, ratones y ratas, obtenidos de tejidos normales y líneas celulares 556 tejidos / líneas celulares en total medidos por cuatro métodos diferentes EST, GeneChip, CAGE y RNA-seqTodos los datos se obtienen de bases de datos públicas, incluidas las del proyecto FANTOM5. Cuando haya más datos de expresión pública disponibles, RefEx los incorporará y se volverá más útil y preciso.
Junto con la extensa colección de datos de expresión génica, RefEx permite la comparación del estado de expresión génica en cada tejido / célula con la diferencia entre los métodos de medición. Puede buscar en los datos cierto grupo de genes simplemente por el nombre del gen, oontología de genes y apellido. Además, puede seleccionar "genes específicos de tejido / célula", es decir, genes marcadores que representan características del tejido / célula calculados mediante la aplicación de un método uniforme a todos los datos públicos acumulados haciendo clic en los iconos de tejido en la página superior de RefEx.
El resultado de búsqueda / selección muestra la comparación de los niveles de expresión relativa entre tejidos y entre los cuatro métodos de medición, y la cantidad de expresión relativa se refleja como un mapa de calor en el modelo 3D del cuerpo humano. También puede comparar anotacionesinformación ontología genética, etc. sobre funciones asignadas a genes en los resultados de búsqueda. Estas funciones apoyan nuevos descubrimientos de conocimiento y construcciones de hipótesis.
Usando RefEx, los investigadores pueden confirmar el nivel de expresión de los genes de interés en muchos tejidos o células en condiciones normales, sin experimentos de laboratorio. También es útil como herramienta para conocer la relación de los genes encontrados en el análisis funcional para dilucidarfenómenos biológicos e interpretar los resultados de la investigación que conducen al desarrollo de medicamentos, etc. Por lo tanto, se espera que RefEx contribuya a una amplia variedad de ciencias de la vida e investigación médica como una poderosa herramienta web para el análisis de la expresión génica.
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Materiales proporcionados por Organización de Investigación de Información y Sistemas . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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