Desde aproximadamente 600 d. C. a mediados del período Clásico Maya, era una ciudad importante, logrando su mayor crecimiento y poder después de que los sitios mayas de las tierras bajas centrales del sur ya se habían derrumbado.

La ocupación posclásica en el sitio vio grandes adiciones de estructuras y motivos en un estilo que recuerda más a las culturas "toltecas" del centro de México.

Alguna vez se pensó que esto era representativo de la migración directa o incluso la conquista del centro de México, pero la mayoría de las interpretaciones contemporáneas ven la presencia de estos estilos "no mayas" más como resultado de la difusión cultural.

La revuelta y la guerra civil entre los mayas en 1221 CE, evidenciada por los hallazgos arqueológicos de edificios quemados, condujo al declive de Chichen Itza y el reinado sobre Yucatán se trasladó a Mayapan.