Se muestra que juega un papel clave en el procesamiento de las emociones, la amígdala forma parte del sistema límbico.

En humanos y otros animales, esta estructura cerebral subcortical está vinculada tanto a las respuestas de miedo como al placer.

Su tamaño se correlaciona positivamente con el comportamiento agresivo entre especies.

En los humanos, es la estructura cerebral con dimorfismo más sexual y se reduce en más del 30% en los hombres al castrarse.

Se sospecha que afecciones como ansiedad, autismo, depresión, trastorno de estrés postraumático y fobias están relacionadas con el funcionamiento anormal de la amígdala, debido a daños, problemas de desarrollo o desequilibrio de neurotransmisores.