Los científicos del Cold Spring Harbor Laboratory CSHL desarrollaron el primer analizador de secuencia del genoma móvil del mundo, una nueva aplicación para iPhone llamada iGenomics. Al emparejar un iPhone con un secuenciador de ADN portátil, los usuarios pueden crear un laboratorio de genética móvil, que recuerda al "tricorder"presentada en Star Trek. La aplicación iGenomics se ejecuta completamente en el dispositivo iOS, lo que reduce la necesidad de computadoras portátiles o equipos grandes en el campo, lo cual es útil para los trabajadores de la ecología y la pandemia. Aspyn Palatnick programó iGenomics en el laboratorio del profesor adjunto adjunto de CSHL Michael Schatz, duranteun período de ocho años, comenzando cuando él era un pasante de secundaria de 14 años.
La aplicación para iPhone se desarrolló para complementar los diminutos dispositivos de secuenciación de ADN que fabrica Oxford Nanopore. Palatnick, ahora ingeniero de software en Facebook, ya tenía experiencia en la creación de aplicaciones para iPhone cuando se unió al laboratorio de Schatz. Él y Schatz se dieron cuenta :
"A medida que los secuenciadores continuaban haciéndose más pequeños, no había tecnologías disponibles que le permitieran estudiar ese ADN en un dispositivo móvil. La mayor parte del estudio del ADN: alineación, análisis, se realiza en grandes grupos de servidores o en computadoras portátiles de alta gama. "
Schatz reconoció que los científicos que estudian las pandemias estaban "volando en maletas llenas de nanoporos y computadoras portátiles y otros servidores para hacer ese análisis en los campos remotos". IGenomics ayuda al hacer que los estudios del genoma sean más portátiles, accesibles y asequibles.
Los usuarios pueden secuenciar datos de AirDrop entre sí, lo que permite el análisis de ADN en las ubicaciones más remotas, incluso en aquellas sin acceso a Internet. IGenomics puede llegar pronto a manos de los astronautas, describe Schatz :
"Hay mucho interés en realizar la secuenciación de ADN en el espacio. Estoy tratando de ver si hay alguna manera de llevar iGenomics allí. Hay muchas personas interesadas en hacer eso. Es un testimonio real de cómosería imposible hacer, ya sabes, cualquier tipo de análisis en computadoras normales. Es simplemente imposible llevarlos contigo ".
en la revista Gigasciencia , Palatnick y Schatz informan que el algoritmo iGenomics puede mapear rápidamente las secuencias de ADN de patógenos virales, como el virus de la gripe o el virus del Zika, e identificar mutaciones importantes para el diagnóstico y el tratamiento. También proporcionan un tutorial en línea para analizar otros genomas virales, comocomo de un paciente con SARS-CoV-2.
Schatz sueña que este dispositivo ayudará tanto a los trabajadores de campo como a los científicos ciudadanos :
"Hoy en día, todos llevamos cámaras profesionales en el bolsillo, por lo que no es tan difícil imaginar que en los próximos años todos llevemos nuestros propios secuenciadores de ADN en nuestros teléfonos inteligentes. Hay tantas oportunidades para realizar medicionesde nuestro entorno y busque patógenos, tal vez incluso realice escaneos de usted mismo ".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Laboratorio de Cold Spring Harbor . Original escrito por Luis Sandoval. Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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