Investigadores de la Universidad Estatal de Carolina del Norte han desarrollado un modelo matemático que muestra cómo el sesgo distorsiona los resultados al medir comunidades bacterianas a través de la secuencia metagenómica. El modelo de prueba de concepto podría ser el primer paso hacia el desarrollo de métodos de calibración que podrían hacer que las mediciones metagenómicas sean más precisas.
La secuencia metagenómica identifica la cantidad y el tipo de bacterias presentes en una comunidad en particular, por ejemplo, en un microbioma intestinal humano, a través del ADN extraído de la muestra. "Estamos midiendo las comunidades de bacterias, cuáles están presentes ycuántos de cada uno hay ", dice Ben Callahan, profesor asistente de salud de la población y patobiología y autor correspondiente de un artículo que describe el trabajo." Sin embargo, la tecnología de medición no es perfecta, lo que introduce un sesgo en los resultados. Y esosignifica que no obtenemos una imagen precisa de la comunidad que estamos tratando de medir "
Según Callahan, dado que la secuencia metagenómica es un proceso de varios pasos, se pueden introducir sesgos en cada paso.
"El paso más conocido es la extracción de ADN, donde rompemos las bacterias para llegar al ADN", dice Callahan. "Las células de algunas bacterias son más difíciles de romper que otras. Digamos que tengo una bacteria queconstituye la mitad de la comunidad pero no se rompe muy bien. Podría terminar con solo el 10% de esta bacteria en mi medición, en lugar del 50% que está realmente allí. Eso introduce sesgo. Ahora, cada medición o cálculo que hagoa partir de ese momento se sesga sistemáticamente "
Callahan, con el investigador postdoctoral del estado de Carolina del Norte Michael McLaren y la bioestadística Amy Willis de la Universidad de Washington, probaron su modelo de sesgo contra dos tipos de secuenciación metagenómica: gen de ARN 16S y metagenómica de escopeta, en comunidades microbianas de composición conocida, ydescubrió que el modelo describía con precisión el sesgo en esas circunstancias.
"Lo que muestra este experimento es que el modelo que proponemos funciona al menos en estas circunstancias limitadas", dice Callahan. "El objetivo a largo plazo es proporcionar una herramienta de calibración para mediciones metagenómicas de comunidades naturales complejas, tal como tenemos estándaresque utilizamos para calibrar tecnologías de medición como escalas, osciloscopios y microscopios. Este trabajo es un primer paso hacia eso ".
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Materiales proporcionado por Universidad Estatal de Carolina del Norte . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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