Los científicos de la Universidad de Kyushu y el Instituto de Tecnología de Tokio en Japón han desarrollado una técnica que permite el análisis de las interacciones ADN-proteína utilizando un número muy pequeño de células, que van desde 100 hasta 1,000. Su método podría capturar información epigenómica previamente no examinada, facilitar el descubrimiento de biomarcadoresy abrir nuevas vías para la medicina de precisión.
Un estudio colaborativo realizado por investigadores de la Universidad de Kyushu, el Instituto de Tecnología de Tokio, la Universidad de Waseda, la Universidad de Tokio y la Universidad de Osaka ha llevado al desarrollo de un enfoque único para el perfil epigenómico [1] que implica trabajar con muchas menos células que enmétodos existentes.
La técnica, llamada secuenciación de etiquetado de integración de cromatina ChIL-seq, podría abrir nuevas oportunidades para que los científicos estudien tipos de células raras y otras muestras de células en escasez. ChIL-seq requiere solo una fracción del material celular inicial.En una serie de experimentos para evaluar el rendimiento de ChIL-seq, los investigadores demostraron con éxito la detección de modificaciones de histonas [2] y factores de unión al ADN utilizando solo 100 a 1,000 células.
Durante la última década, la secuenciación de la inmunoprecipitación de cromatina ChIP-seq ha sido la técnica dominante para analizar datos epigenómicos e identificar sitios de unión importantes de proteínas asociadas al ADN. Sin embargo, una limitación ha sido que ChIP-seq requiere al menos 10,000 otípicamente millones de células para comenzar, principalmente debido al hecho de que las muestras tienden a perderse durante dos pasos clave: preparación de cromatina [3] e inmunoprecipitación [4].
El equipo de investigación, codirigido por Hiroshi Kimura, del Instituto de Investigación Innovadora, Instituto de Tecnología de Tokio, y Yasuyuki Ohkawa, del Instituto Médico de Bioregulación, Universidad de Kyushu, resolvió el problema de la pérdida de muestras al reemplazar los dos pasos mencionados anteriormente coninmunotinción, un método no destructivo adecuado para analizar muestras de tejido.
Usando ChIL-seq, el equipo también detectó regiones genómicas asociadas con marcas de histonas a nivel de células individuales, un logro que acerca a los biólogos al objetivo de larga data de establecer el perfil de células individuales.
ChIL-seq puede "acercar" las secuencias genómicas cerca de las moléculas objetivo antes de la descomposición celular, y esto es particularmente útil para estudiar células adherentes, es decir, células enteras que permanecen unidas a las placas de cultivo y después de la inmunofluorescencia.
Actualmente, se están desarrollando muchos tipos diferentes de métodos de perfilado de epigenomas en todo el mundo. Cada uno tiene sus ventajas y limitaciones. Los investigadores señalan que ChIL-seq también necesita ser refinado. En su forma actual, por ejemplo, tiene pocasensibilidad a las regiones de heterocromatina, y puede llevar de 3 a 4 días completar el procedimiento.
En general, confían en que ChIL-seq es prometedor debido a su precisión, lo que lo hace adecuado para aplicaciones de una sola celda y su flexibilidad, lo que significa que en el futuro, podría combinarse con otras potentes técnicas de secuenciación.
Términos técnicos
[1] Perfil epigenómico: análisis de interacciones de ADN-proteína que pueden proporcionar visiones de estados de enfermedad y objetivos terapéuticos.
[2] Modificaciones de histonas: modificaciones postraduccionales que regulan la expresión génica.
[3] Preparación de cromatina: un proceso que implica la extracción de cromatina rica en información un complejo de ADN y proteínas a través de la descomposición de las células.
[4] Inmunoprecipitación: purificación de proteínas diana en función de la interacción antígeno-anticuerpo.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por Instituto de Tecnología de Tokio . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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