En un estudio publicado recientemente en la revista Microbiología de la naturaleza , los investigadores del Laboratorio Nacional de Los Alamos muestran que las simulaciones por computadora pueden predecir con precisión la transmisión del VIH entre las poblaciones, lo que podría ayudar a prevenir la enfermedad.
Las simulaciones fueron consistentes con los datos de ADN reales obtenidos de una base de datos pública mundial de VIH, desarrollada y mantenida por Los Alamos. El archivo tiene más de 840,000 secuencias de VIH publicadas para investigación científica.
"Buscamos patrones genéticos especiales que habíamos visto en las simulaciones, y podemos confirmar que estos patrones también son válidos para datos reales que cubren toda la epidemia", dijo Thomas Leitner, biólogo computacional en Los Alamos y autor principal delestudiar.
El VIH es particularmente interesante para estudiar de esta manera, señaló Leitner, ya que el virus muta de forma rápida y constante dentro de cada individuo infectado. Las "firmas genéticas" cambiantes de su código proporcionan un camino que los investigadores pueden seguir para determinar el origen y el marco temporalde una infección, y ahora se ha demostrado que las simulaciones por computadora tienen éxito en el seguimiento y la predicción de los movimientos del virus a través de las poblaciones.
La capacidad mutacional rápida del virus es útil para la investigación epidemiológica, pero también es una de las características que hace que sea tan difícil abordarla con una vacuna.
Leitner y Ethan Romero-Severson, coautor del estudio y biólogo teórico de Los Alamos, utilizaron métodos filogenéticos, examinando las relaciones evolutivas en el código genético del virus para evaluar cómo se transmite el VIH. Descubrieron que ciertos patrones filogenéticos del "árbol genealógico"correlacionado con los datos de ADN de 955 pares de personas, en los que se conocía el transmisor y el receptor del virus.
"Estas transmisiones de VIH tenían un vínculo conocido basado en información epidemiológica como estudios de parejas, transmisión de madre a hijo, parejas identificadas por rastreo de contactos y casos criminales", escriben los autores.
Los sólidos resultados del estudio han llevado a una colaboración con las agencias de salud estatales de Colorado y Michigan. Los investigadores planean desarrollar herramientas computacionales de salud pública para ayudar a las agencias a rastrear la enfermedad y asignar recursos para campañas de prevención específicas ". Esperamos que estoslas herramientas ayudarán a obstaculizar nuevas infecciones en el futuro ", dijo Leitner.
Leitner dijo que las herramientas de modelado de vanguardia también se pueden usar para predecir los patrones de otras enfermedades infecciosas en rápida evolución.
Los Alamos tiene una sólida historia en el análisis de datos genéticos, ya que fue el sitio del proyecto GenBank original en 1979, conocido en ese momento como la Base de Datos de Secuencia de Los Alamos y establecido por Walter Goad del Grupo de Biología y Biofísica Teórica.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por DOE / Laboratorio Nacional de Los Alamos . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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