Un error en uno de los métodos más utilizados en epigenética, DIP-seq, puede causar resultados engañosos, según han demostrado investigadores de la Universidad de Linköping, Suecia. Esto puede tener una gran importancia en el campo de la investigación, donde los "grandes datos" ySe utilizan métodos avanzados de análisis de ADN para estudiar grandes cantidades de datos epigenéticos. El error se puede corregir en datos DIP-seq recopilados previamente, lo que puede conducir a nuevos descubrimientos de estudios previos de epigenética humana. Los resultados se han publicado en la revista Métodos de la naturaleza .
En principio, cada célula de nuestro cuerpo tiene la misma secuencia de ADN. Sin embargo, diferentes tipos de células usan grupos de genes muy diferentes. Esto significa que se requieren señales adicionales para controlar qué genes se usan en cada tipo de célula individual. Un tipo dedicha señal consiste en grupos químicos directamente unidos a la secuencia de ADN. Estas modificaciones químicas de la secuencia de ADN forman parte de lo que comúnmente se llama el "código epigenético". La regulación epigenética de los genes juega un papel importante en el desarrollo humano normal pero también está asociada conmuchas enfermedades, como el cáncer.
Los investigadores de la Universidad de Linköping han descubierto una debilidad en uno de los métodos más utilizados en la investigación epigenética, la secuenciación de inmunoprecipitación de ADN DIP-seq. En pocas palabras, este método se basa en la selección de las partes del ADN que transportan unseñal epigenética particular. Para esto, los investigadores usan varios anticuerpos que reconocen una estructura química específica y se unen a ella. Los anticuerpos se clasifican posteriormente y se determinan las secuencias de ADN a las que se han unido. El grupo de Nestor notó que ciertas marcas epigenéticas siempreocurrió en el mismo lugar, incluso en el ADN que no debería contener esas marcas epigenéticas en absoluto.
"Nuestro descubrimiento resalta la importancia de la validación experimental cuando se utilizan tecnologías de alto rendimiento en la investigación. Sin ese rigor experimental, los errores generalizados pueden ocultarse a simple vista, ocultos por su 'consistencia' en los estudios", dice Colm Nestor, profesor asistente en elDepartamento de Medicina Clínica y Experimental e investigador principal del estudio.
Al analizar más de 125 conjuntos de datos existentes, el grupo de Nestor reveló que DIP-seq detectaba comúnmente secuencias de ADN que no tenían ninguna marca epigenética. Estos falsos positivos constituyen el 50-90% de las regiones de ADN detectadas, y la magnitud del efecto difiere entrediferentes conjuntos de datos. "Ahora que conocemos este error, es extremadamente simple restarlo. Corregir estos errores permitirá realizar nuevos descubrimientos a partir de la gran cantidad de datos epigenéticos que ya están en el dominio público", dice Colm Nestor.
Los investigadores señalan que la gran mayoría de los resultados de estudios anteriores son correctos.
"Deberíamos continuar usando estos métodos pero corregir estos errores mediante el diseño experimental apropiado", dice Colm Nestor.
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Materiales proporcionados por Universidad de Linköping . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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