Un descubrimiento casual ha abierto un nuevo método para encontrar virus desconocidos.
En una investigación publicada en la revista Evolución del virus , los científicos del Departamento de Zoología de la Universidad de Oxford han revelado que la secuenciación de próxima generación y sus bases de datos de ADN en línea asociadas podrían usarse en el campo del descubrimiento viral. Han desarrollado algoritmos que detectan el ADN de los virus que se encuentran en la sangre de los peces omuestras de tejido, y podrían usarse para identificar virus en una variedad de especies diferentes.
La secuenciación de próxima generación ha revolucionado la investigación genómica y actualmente se utiliza para estudiar y comprender el material genético. Permite a los científicos recopilar grandes cantidades de datos, de una sola pieza de ADN, que luego se recopila en grandes bases de datos genómicas en línea queson de acceso público.
El Dr. Aris Katzourakis y el Dr. Amr Aswad, Investigadores Asociados del Departamento de Zoología de Oxford, descubrieron inicialmente el nuevo uso de la base de datos, por casualidad. Mientras buscaban un antiguo virus del herpes en los primates, encontraron evidencia de dos nuevos virus indocumentados.
Impulsados por su descubrimiento accidental, se dispusieron a ver si podían lograr intencionalmente el mismo resultado. En un proyecto separado para encontrar nuevos virus del herpes que infectan a los peces, utilizaron la técnica para examinar más de 50 genomas de peces en busca de ADN viral reconocibleEfectivamente, además de los virus del herpes que esperaban encontrar, los investigadores identificaron un linaje distante de virus inusuales, que incluso podría ser una nueva familia viral. Los rasgos se encontraron dispersos en fragmentos de 15 especies diferentes de peces,incluyendo el salmón del Atlántico y la trucha arcoiris.
Para confirmar que la evidencia viral no era simplemente una casualidad o un error de procesamiento de datos, analizaron muestras adicionales de un supermercado local y un restaurante de sushi. Se encontraron los mismos fragmentos virales en las muestras compradas.
El autor del estudio, el Dr. Aris Katzourakis, del Departamento de Zoología de la Universidad de Oxford, dijo: 'En el genoma del salmón encontramos lo que parece ser un genoma viral completo e independiente, así como docenas de fragmentos de ADN viral que se habían integrado en los pecesADN. Sabemos por estudios recientes que los virus pueden integrarse en el genoma de su huésped, a veces permanecen allí durante millones de años. En este caso, parece que el virus puede haber adquirido la capacidad de integrarse al robar un gen delsalmón en sí mismo, lo que explica cómo se ha generalizado tanto en el genoma del salmón ''.
La clave del éxito de esta investigación está en su enfoque interdisciplinario, que combina técnicas de dos campos: biología evolutiva y genómica. Juntos, estos son el núcleo del nuevo campo de la paleovirología: el estudio de virus antiguos quehan integrado su ADN en el de sus anfitriones, a veces hace millones de años. Cada técnica utilizada ha sido desarrollada para analizar grandes cantidades de datos de secuencia de ADN.
El coautor y investigador asociado en el Departamento de Zoología de Oxford y St. Hilda's College, Dr. Amr Aswad, dijo: "Descubrir nuevos virus históricamente se ha inclinado hacia las personas y los animales que muestran síntomas de enfermedad. Pero, nuestra investigación muestra cuán útilla secuenciación de ADN de próxima generación puede estar en la identificación viral. Para muchos, el ADN viral, por ejemplo, los datos de chimpancés o halcones es una molestia y un contaminante falso que necesita ser filtrado de los resultados. Pero consideramos que esta es una oportunidad a la espera de ser explotada, ya quepodrían incluir nuevos virus que vale la pena estudiar, como hemos encontrado en nuestra investigación. Podríamos estar desechando datos muy valiosos ''.
Históricamente, encontrar nuevos virus no ha sido un proceso fácil. Las células no crecen solas, por lo que deben cultivarse en un laboratorio antes de poder analizarlas, lo que implica meses de trabajo. Pero la investigación de Oxford representa una gran oportunidad para elfuturo.
Más allá de este estudio, el enfoque podría usarse para identificar virus en una variedad de especies diferentes, particularmente aquellas conocidas por albergar enfermedades transmisibles. Los murciélagos y roedores, por ejemplo, son portadores notorios de enfermedades infecciosas a las que aparentemente son inmunes.como los mosquitos también son portadores de enfermedades virales que dañan a los humanos, como el zika. Si se aplica de manera efectiva, el método podría descubrir otros virus antes de que ocurra un brote.
El Dr. Katzourakis agregó: 'Una de las fortalezas reales de esta técnica, en comparación con los enfoques de virología más tradicionales, es la velocidad de descubrimiento y la falta de confianza en la identificación de un individuo enfermo. Los datos virales recopilados, que de otro modo podrían serdescartado como una molestia, es un recurso único para buscar virus patógenos y benignos que de otro modo habrían permanecido sin descubrir ''.
El equipo comenzará a identificar el impacto de los virus y si tienen implicaciones a largo plazo para la enfermedad o la piscicultura comercial. Si bien un virus infeccioso puede no causar la enfermedad en su huésped natural, en este caso, los pecesexiste el riesgo de transmisión entre especies a peces de cultivo o poblaciones silvestres.
Sin embargo, el riesgo para los humanos es mínimo. El Dr. Aris Katzourakis dijo: 'Dicho de esta manera, no voy a dejar de comer sashimi'.
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Materiales proporcionado por Universidad de Oxford . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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