Un nuevo método computacional para asignar al donante en experimentos de secuenciación de ARN de una sola célula proporciona una forma precisa de desentrañar los datos de una mezcla de personas. El método Souporcell, creado por investigadores del Instituto Wellcome Sanger y sus colaboradores, podría ayudar a estudiar cómo las variantes genéticas en diferenteslas personas afectan qué genes se expresan durante la infección o la respuesta a las drogas.
Publicado esta semana en Métodos de la naturaleza , el software podría aumentar la eficiencia de los experimentos unicelulares, ayudando a la investigación en trasplantes, medicina personalizada y malaria.
La secuenciación de ARN de una sola célula RNAseq puede revelar exactamente qué genes se activan en cada célula individual, revelando los tipos de células y lo que hacen. Agrupar las células de varias personas en un experimento de ARNseq de una sola célula ayuda a identificar cómo diferentes genomas afectan a este genSin embargo, es esencial poder separar los datos resultantes por individuo, lo que puede ser muy difícil.
Los autores probaron Souporcell * contra otros tres métodos computacionales usando células placentarias, líneas de células madre pluripotentes ** y parásitos de la malaria.
Haynes Heaton, el primer autor del Instituto Wellcome Sanger, dijo: "Nuestro método, llamado Souporcell, es capaz de separar mezclas de células de individuos en experimentos scRNAseq sin conocer de antemano la secuencia completa del genoma de cada individuo, a diferencia de los métodos anteriores. Uno deLas características clave del método es que estima la cantidad de ARN de fondo de las células muertas, lo que a menudo se conoce como la sopa. Esto permite la eliminación de esa fuente de ruido, y de ahí el nombre Souporcell ".
Poder combinar las celdas en un solo experimento aumenta la precisión, permite encontrar más información y también reduce el costo de estos experimentos.
El Dr. Martin Hemberg, autor principal del Instituto Wellcome Sanger, dijo: "La secuencia genética exacta de cada persona puede afectar su respuesta a infecciones o tratamientos farmacológicos. El nuevo método permite que los datos de expresión de células individuales de varias personas seananalizado, para mostrar vínculos entre el genotipo y el fenotipo, en enfermedades y en presencia de drogas. Esto tendrá implicaciones para la medicina personalizada ".
Además, algunas muestras tienen inherentemente una mezcla de células con diferentes genomas, incluidas muestras de pacientes trasplantados que tienen sus células y células originales del donante, o poblaciones de parásitos, como la malaria, de un individuo infectado.
La Dra. Mara Lawniczak, autora principal del Instituto Wellcome Sanger, dijo: "Este método nos está ayudando a comprender la malaria. Las personas se infectan con múltiples cepas de malaria a la vez, pero no sabemos cómo compiten estas cepas con cada una de ellasotro para reproducir. Incluso para hacer la pregunta tenemos que poder dividir las células de diferentes cepas de malaria, y Souporcell lo está permitiendo ".
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Materiales proporcionado por Instituto Wellcome Trust Sanger . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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