Un mapa completo de los genes necesarios para la supervivencia del cáncer está un paso más cerca, luego de la validación de las dos pantallas genéticas CRISPR-Cas9 más grandes en 725 modelos de cáncer, en 25 tipos de cáncer diferentes. Científicos del Instituto Wellcome Sanger y el Instituto Broad deMIT y Harvard compararon la consistencia de los dos conjuntos de datos, verificando independientemente la metodología y los hallazgos.
Los resultados, publicados hoy 20 de diciembre de 2019 en Comunicaciones de la naturaleza , significa que los dos conjuntos de datos se pueden integrar para formar la pantalla genética más grande de líneas celulares de cáncer hasta la fecha, lo que proporcionará la base para el Mapa de Dependencia del Cáncer en alrededor de 1,000 modelos de cáncer. La escala de este conjunto de datos combinado ayudará a acelerarhasta el descubrimiento y desarrollo de nuevos medicamentos contra el cáncer.
La iniciativa del Mapa de Dependencia del Cáncer Cancer DepMap tiene como objetivo crear un reglamento detallado de tratamientos de cáncer de precisión para pacientes. Dos elementos clave del Cancer DepMap son el mapeo de los genes críticos para la supervivencia de las células cancerosas y el análisis de los conjuntos de datos resultantesA pesar de los recientes avances en la investigación del cáncer, hacer que la medicina de precisión esté ampliamente disponible para los pacientes con cáncer requiere muchos nuevos objetivos farmacológicos.
Para encontrar estos objetivos farmacológicos, los investigadores de Cancer DepMap toman células tumorales de los pacientes para crear líneas celulares que puedan crecer en el laboratorio. Luego usan la tecnología CRISPR-Cas9 para editar los genes en estas células cancerosas, apagándolas una por una- uno para medir qué tan críticos son para que el cáncer sobreviva. Los resultados de estos experimentos indican qué genes tienen más probabilidades de ser objetivos farmacológicos viables.
En este nuevo estudio, los investigadores analizaron datos de dos cribados genéticos CRISPR-Cas9 recientemente publicados realizados en líneas celulares de cáncer en los Institutos Broad y Sanger. A pesar de las diferencias significativas en los protocolos experimentales, el equipo descubrió que los resultados del cribado eran consistentes entre síDe manera crucial, se encontraron los mismos genes esenciales para la supervivencia al cáncer, conocidos como dependencias, en ambos conjuntos de datos.
La Dra. Clare Pacini, primera autora del estudio del Instituto Wellcome Sanger y Open Targets, dijo: "Las pantallas CRISPR-Cas9 de Sanger y Broad Institute se crearon utilizando protocolos ligeramente diferentes, como la duración del crecimiento celular y los reactivos utilizados.verifique el conjunto de datos de cada Instituto, hemos repetido las pantallas CRISPR-Cas9 utilizando los protocolos empleados originalmente en el otro Instituto. Es importante destacar que hemos encontrado las mismas dependencias genéticas en cada uno, lo que significa que los nuevos objetivos farmacológicos identificados originalmente son consistentes ".
Aviad Tsherniak, del Broad Institute of MIT and Harvard, dijo: "Este es el primer análisis de este tipo y es realmente importante para toda la comunidad de investigación del cáncer. No solo hemos reproducido dependencias comunes y específicas en los dos conjuntos de datos,pero hemos tomado biomarcadores de dependencia genética encontrados en un conjunto de datos y los recuperamos en el otro. Nuestro análisis ha sido imparcial, riguroso y demuestra la veracidad del enfoque y los objetivos farmacológicos identificados ".
En 2013, los resultados que compararon dos grandes conjuntos de datos farmacogenómicos que emplean los modelos de cáncer utilizados en este estudio plantearon preocupaciones sobre la reproducibilidad de los experimentos realizados. Otros análisis publicados de forma independiente finalmente demostraron que los dos recursos son confiables y consistentes, restaurando la confianza en la solidezde exámenes de drogas a gran escala, pero el episodio desaceleró el progreso de la investigación del cáncer.
Este estudio valida la reproducibilidad de las pantallas genéticas funcionales CRISPR-Cas9 para eliminar cualquier duda sobre su eficacia. Establece estándares rigurosos para evaluar estos nuevos tipos de conjuntos de datos, facilitando la comparación e integración de grandes bases de datos de dependencias de cáncer.
El Dr. Francesco Iorio, del Instituto Wellcome Sanger y Open Targets, dijo: "Vale la pena recordar que cuando estos conjuntos de datos se produjeron originalmente, estábamos tratando con una tecnología nueva y no probada. Este estudio es importante porque demuestra la validez de lamétodos experimentales y la consistencia de los datos que producen. También significa que dos grandes conjuntos de datos de dependencia del cáncer son compatibles. Al unirlos, tendremos acceso a un poder estadístico mucho mayor para reducir la lista de objetivos para la próxima generación detratamientos contra el cáncer "
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Materiales proporcionado por Instituto Wellcome Trust Sanger . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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