En los últimos años, se ha desarrollado una nueva técnica de secuenciación portátil, miniatura y de alto rendimiento para fines de salud humana y animal. Utiliza laboratorios móviles para diagnosticar virus como el Ébola o el Zika casi instantáneamente en el campo. El diagnóstico es tantorápido y temprano, lo que evita la necesidad de transferir muestras contaminadas.
"La tecnología se caracteriza por la producción de secuencias de nucleótidos largas, lo que hace posible secuenciar todo el genoma viral", explica Philippe Roumagnac, un virólogo con CIRAD. CIRAD fue uno de los primeros laboratorios del mundo en probar yvalidar su uso en virología de plantas. "Usando una planta de ñame enferma, nos tomó solo unas pocas horas secuenciar el genoma completo de dos virus de ARN de cadena sencilla, un macluravirus y un potyvirus", agrega su colega Denis Filloux.
Diagnóstico móvil e instantáneo de virus de plantas, para respaldar redes de vigilancia de epidemias
Al igual que con la virología humana, el hecho de que la técnica ahora haya sido validada en un laboratorio de virología de plantas allana el camino para la detección móvil en tiempo real de virus de plantas crónicos, estacionales o emergentes, incluso en áreas aisladas. Al acortar el tiempo quetranscurridos entre el muestreo y el diagnóstico, la tecnología ayudará a las redes de vigilancia de epidemias a detectar organismos nocivos en una etapa más temprana.
Este trabajo, realizado por un equipo internacional que incluye a CIRAD y socios europeos, indios y sudafricanos, fue financiado por Agropolis Fondation en el marco de un proyecto emblemático, E-SPACE Mejora de la vigilancia de epidemias de enfermedades de plantas tropicales y mediterráneas.
* Oxford Nanopore MinION
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