Los programas respaldados por los Institutos Nacionales de Salud están estableciendo qué genes y variantes genómicas juegan un papel en la enfermedad humana, permitiendo su uso en medicina e investigación genómica. Los programas de Recursos Genómicos Clínicos ClinGen y ClinVar de los NIH abordan una barrera importante para incorporar genómicamedicina en el cuidado de la salud, que es una falta de evidencia sobre la relación entre las variantes genéticas y las enfermedades. mutación humana publicado el 12 de octubre, destaca la amplia gama de avances logrados a través de estos programas, que trabajan en conjunto para avanzar en el conocimiento que conecta la variación genómica humana con la salud humana.
El Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano NHGRI estableció ClinGen en 2013 con el apoyo adicional del Instituto Nacional de Salud Infantil y Desarrollo Humano Eunice Kennedy Shriver y el Instituto Nacional del Cáncer. El objetivo de ClinGen es reunir a expertos clínicos y de investigación paradesarrollar procesos estándar para revisar datos sobre variantes genéticas y sus conexiones con la salud y la enfermedad. Estos expertos luego determinan qué podría significar cada variante para el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. La información sobre las variantes genéticas se almacena en ClinVar, que es financiado y mantenido por NIH's NationalCentro de Información Biotecnológica, parte de la Biblioteca Nacional de Medicina.
"A través del trabajo de ClinGen y ClinVar, más de 730 investigadores, médicos y curadores de 230 instituciones han estado trabajando juntos para estandarizar la evaluación de genes y variantes genómicas implicadas en enfermedades humanas", dijo Eric Green, MD, Ph.D., Director de NHGRI. "En última instancia, estos esfuerzos conducirán a una mejor implementación de la medicina genómica y una atención al paciente de mayor calidad".
Proporcionar evidencia
Los investigadores de ClinGen desarrollaron un Marco de Validez de Enfermedades Genéticas para evaluar el papel de las variantes genéticas en una enfermedad determinada. Catorce paneles de expertos en curación genética, que incluyen médicos e investigadores de todo el mundo con experiencia en enfermedades como el cáncer, trastornos del desarrollo neurológico y enfermedades cardiovasculares, están implementando este marco. En el número especial, dos paneles de expertos informaron sobre los genes asociados con la epilepsia y las RASopatías; este último es un grupo de condiciones genéticas raras que incluyen el síndrome de Noonan, el síndrome Cardio-Facio-Cutáneo, el síndrome de Costello y el síndrome de Legius.Ocho de los 16 genes para la epilepsia junto con seis de los 20 genes evaluados por su contribución a las RASopatías tenían evidencia insuficiente para respaldar un papel en la enfermedad. Estos hallazgos ayudarán a los laboratorios a decidir qué genes evaluar como parte de las evaluaciones de diagnóstico.
Los investigadores de ClinGen también están aprovechando las pautas desarrolladas por el Colegio Americano de Genética y Genómica Médica y la Asociación de Patología Molecular para identificar esas variantes específicas dentro de un gen que conducen a la enfermedad y las que no. En cuatro artículos publicados, ClinGen's Variant CurationLos paneles de expertos brindan una descripción general de cómo personalizaron las pautas para abordar aspectos únicos de los genes, incluidos aquellos para la pérdida de audición, CDH1 asociado con cáncer de estómago y de mama, HAP asociado con fenilcetonuria y PTEN asociado con un síndrome tumoralLos médicos pueden usar las variantes genéticas clasificadas por expertos disponibles en ClinVar para decidir si una variante que encuentran en sus pacientes está contribuyendo a la enfermedad. Los investigadores también pueden seleccionar ciertas variantes genéticas para estudiar en sus laboratorios.
"ClinGen y ClinVar son excelentes ejemplos de cómo diferentes partes de los NIH, la comunidad de investigación extramural y los laboratorios de pruebas clínicas de todo el mundo han unido sus fuerzas para mejorar cómo compartimos la información genómica y la usamos para mejorar nuestra comprensión de la relación entre la variaciónen la secuencia de ADN y la enfermedad ", dijo Heidi L. Rehm, Ph.D., genómica clínica e investigadora principal de ClinGen en el Broad Institute of MIT y el Hospital General de Harvard y Massachusetts, Boston. Dr. Rehm, Jonathan S. Berg,MD, Ph.D., Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill; y Sharon Plon, MD, Ph.D., Baylor College of Medicine, Houston, proporcionaron una visión general de los programas y sirvieron como coeditores para los 25 trabajos.problema especial.
Los investigadores de ClinGen también han desarrollado un enfoque para evaluar la capacidad de acción clínica de los hallazgos secundarios, que en este contexto son variantes genómicas identificadas en una persona que podrían causar una enfermedad, incluso si no fueran el foco original de la prueba de diagnóstico.
intercambio de datos
La base de datos ClinVar agrega información sobre variantes genómicas y su relación con la salud humana y ha fomentado la capacidad de compartir y comparar clasificaciones de variantes genéticas de diferentes grupos de investigación y clínicos. Esto ha sido fundamental para el trabajo de los paneles de expertos de ClinGen al permitirlestrabajar en estrecha colaboración con los laboratorios que comparten datos para resolver las diferencias en las interpretaciones de variantes genéticas, asegurando resultados más precisos para los pacientes.
El registro de pacientes de ClinGen, GenomeConnect, ha permitido a los pacientes sometidos a pruebas genómicas contribuir con sus variantes genómicas y datos clínicos a ClinVar. A partir de abril de 2018, 1.601 participantes de 32 países se habían inscrito en GenomeConnect. El registro también permite a los pacientes conectarse conmédicos, investigadores y otros participantes. Los participantes del registro también pueden recibir alertas cuando el laboratorio que realizó sus pruebas actualiza la información sobre sus variantes genéticas. Hasta la fecha, se han identificado 13 actualizaciones y se están devolviendo a los participantes que eligen recibir esta información.
Un lenguaje común
Para ayudar a establecer un lenguaje común para que las bases de datos genómicas se "hablen" entre sí, los desarrolladores de ClinGen crearon el Registro de Alelos ClinGen, que permite la identificación universal de variantes genéticas. El modelo de datos subyacente al registro se ajusta a los estándares desarrollados por GenomicFlujo de trabajo de estándares de conocimiento de la Alianza Global para la Genómica y la Salud. "Los investigadores y clínicos de ClinGen y ClinVar han trabajado incansablemente para curar el conocimiento para su uso en medicina e investigación genómica", dijo Erin M. Ramos, Ph.D., MPH y NHGRI'sDirector del programa ClinGen. "Es un desafío enorme, pero la comunidad está trabajando para automatizar enfoques y acelerar nuestros procesos. Dado que las pruebas genómicas clínicas se están volviendo más comunes, saber qué variantes genéticas contribuyen a la enfermedad es imprescindible para proporcionar la mejor atención posible."
Los investigadores de ClinGen y ClinVar presentarán su trabajo en la reunión anual de la Sociedad Americana de Genética Humana, del 16 al 20 de octubre de 2018.
ClinGen está financiado principalmente por NHGRI a través de las siguientes tres subvenciones: U41HG006834, U41HG009649 y U41HG009650. ClinGen también recibe apoyo para la curación de contenido de NICHD a través de las siguientes tres subvenciones: U24HD093483, U24HD093486 y U24HD093487. Durante la fase 1 de las actividades, NCI apoyó ClinGen.2016 con un contrato HHSN261200800001E. ClinVar está respaldado por el Programa de Investigación Intramural de NIH, Biblioteca Nacional de Medicina.
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Materiales proporcionado por NIH / Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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