Los bioingenieros de la Universidad de California en San Diego han desarrollado una nueva herramienta para identificar las interacciones entre las moléculas de ARN y ADN. La herramienta, llamada MARGI Mapping RNA Genome Interactions, es la primera tecnología capaz de proporcionar una cuenta completa de todos losMoléculas de ARN que interactúan con un segmento de ADN, así como las ubicaciones de todas estas interacciones, en un solo experimento.
las moléculas de ARN pueden unirse a secuencias de ADN particulares para ayudar a controlar la cantidad de proteína que producen estos genes en particular en un tiempo determinado y dentro de una célula determinada. Y al saber qué genes producen estos ARN reguladores, los investigadores pueden comenzar a identificar nuevas funciones e instruccionescodificado en el genoma.
"La mayor parte de la secuencia del genoma humano ahora se conoce, pero aún no sabemos qué significan la mayoría de estas secuencias", dijo Sheng Zhong, profesor de bioingeniería en la Escuela de Ingeniería de la Universidad de California San Diego Jacobs y autor principal del estudio ".Para comprender mejor las funciones del genoma, sería útil tener el catálogo completo de todas las moléculas de ARN que interactúan con el ADN y con qué secuencias interactúan. Hemos desarrollado una herramienta que nos puede dar esa información ".
Zhong y su equipo publicaron sus hallazgos en la edición de febrero de Biología actual .
Los métodos existentes para estudiar las interacciones de ARN-ADN solo son capaces de analizar una molécula de ARN a la vez, lo que hace imposible analizar un conjunto completo de interacciones de ARN-ADN que involucran cientos de moléculas de ARN.
"Podría tomar años analizar todas estas interacciones", dijo Tri Nguyen, estudiante de doctorado en bioingeniería en la Universidad de California en San Diego y coautor del estudio.
Usando MARGI, un conjunto completo de interacciones ARN-ADN podría analizarse en un solo experimento que lleva una o dos semanas.
La técnica MARGI comienza con una mezcla que contiene ADN que se ha cortado en pedazos cortos y ARN. En esta mezcla, un subconjunto de moléculas de ARN interactúa con piezas de ADN particulares. Luego se agrega un conector especialmente diseñado para conectar el ARN que interactúa.Pares de ADN: los pares de ARN-ADN enlazados se pescan selectivamente, luego se convierten en secuencias quiméricas que se pueden leer todas a la vez mediante la secuenciación de alto rendimiento.
Zhong y su equipo probaron la precisión del método al ver si producía resultados falsos positivos. Primero, los investigadores mezclaron ARN y ADN tanto de la mosca de la fruta como de las células humanas, creando ambos pares "verdaderos" de ARN-ADN, lo que significa quemosca completamente humana o totalmente frutal, y pares de ARN-ADN "falsos", lo que significa que son mitad humanos y mitad moscas de la fruta: estos son los que no deben detectarse. Luego, el equipo analizó toda la mezcla usando MARGI.El método detectó un gran conjunto de verdaderas interacciones ARN-ADN, pero también detectó aproximadamente el 2 por ciento de las falsas.
"Este método no es perfecto, pero es un paso importante hacia la creación de una anotación funcional completa del genoma", dijo el coautor principal Bharat Sridhar, investigador visitante de bioingeniería en el grupo de Zhong.
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Materiales proporcionado por Universidad de California - San Diego . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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