Una nueva plataforma de bioinformática llamada Empowering the Development of Genomics Expertise EDGE ayudará a democratizar la revolución genómica al permitir a los usuarios con experiencia limitada en bioinformática analizar e interpretar rápidamente los datos de la secuencia genómica. Investigadores del Laboratorio Nacional de Los Alamos y sus colaboradores en el NavalMedical Research Center desarrolló EDGE, que se describe en un artículo publicado recientemente en Investigación de ácidos nucleicos.
"Nos dimos cuenta de que, si bien los instrumentos de secuenciación de próxima generación se están generalizando y son más accesibles para el biólogo o médico promedio, las herramientas bioinformáticas necesarias para procesar y analizar los datos no eran tan fáciles de usar o accesibles", dijo Patrick Chain,del grupo de Bioseguridad y Salud Pública de Los Alamos y líder del equipo EDGE. "Dada la gran cantidad de aplicaciones donde ahora se usa la secuenciación, se requiere una plataforma bioinformática robusta que encapsule una amplia gama de algoritmos para ayudar a abordar las preguntas que pueda tener un investigador.buscó desarrollar un entorno basado en la web donde los expertos no bioinformáticos pudieran seleccionar fácilmente qué tuberías necesitan y obtener rápidamente resultados e interactuar con sus datos ".
Para detener la propagación de la enfermedad, a partir de amenazas naturales o causadas por el hombre, se requiere una comprensión profunda de los patógenos y cómo funcionan. Para este fin, la capacidad de caracterizar organismos a través de la comparación precisa y rápida de datos genómicos es una parte importantede la misión de seguridad nacional de Los Alamos.
Los avances tecnológicos han impulsado el desarrollo de nuevas aplicaciones de secuenciación e inundarán las bases de datos actuales con datos sin procesar. Varios factores limitan el uso de estos datos, incluida la gran cantidad de dependencias de software y hardware asociadas y la experiencia detallada requerida para realizar estoPara abordar estos problemas, Chain y su equipo han desarrollado un entorno intuitivo basado en la web con una amplia variedad de herramientas bioinformáticas integradas y pioneras en flujos de trabajo preconfigurados, todo lo cual se puede aplicar fácilmente para aislar proyectos de secuenciación del genoma o proyectos de metagenómica..
EDGE es una plataforma fácil de usar y de código abierto que integra cientos de herramientas de vanguardia y ayuda a reducir los tiempos de análisis de datos de días o semanas a minutos u horas. Los flujos de trabajo en EDGE, junto con su facilidad de uso, proporcionan novatosusuarios de secuenciación de próxima generación con la capacidad de realizar muchos análisis complejos con solo unos pocos clics del mouse. Esta plataforma de bioinformática se describe como un intento inicial de potenciar el desarrollo de dxpertise genómica, como su nombre indica, para una amplia gama de aplicaciones en microbiosinvestigación.
EDGE ya ha ayudado a simplificar el análisis de datos para grupos en Tailandia, Georgia, Perú, Corea del Sur, Gabón, Uganda, Egipto y Camboya, así como en varios laboratorios gubernamentales en los Estados Unidos.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Laboratorio Nacional de Los Alamos . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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