Los investigadores han mejorado la integración de fuentes y tipos de datos dispares que harán avanzar la comprensión de los científicos sobre las enfermedades utilizando Wikipathways. Este estudio, publicado en Biología Computacional PLOS , ayudará a otros científicos a utilizar mejor los datos abiertos y ayudará al descubrimiento de nuevos objetivos terapéuticos para enfermedades.
Estos científicos de la Universidad de Maastricht y los Institutos Gladstone han estado trabajando para abordar el problema de los datos que obstaculiza la investigación diaria. A pesar de que las nuevas tecnologías innovadoras han avanzado exponencialmente la investigación biomédica, lo que hace que sea más fácil que nunca recopilar información esencial sobre humanos.salud y enfermedad: todavía hay muchas enfermedades que los científicos no comprenden con suficiente detalle para desarrollar tratamientos efectivos para ellas.
Este problema se debe en parte a la dificultad de agregar diferentes tipos de datos experimentales. La cantidad de información que necesita integración es abrumadora y las bases de datos que contienen esta información generalmente están dirigidas a un problema específico y almacenan los datos de maneras que hacenes difícil de reutilizar en otro contexto. "Hay una gran cantidad de información disponible para nosotros, pero necesitamos una mejor manera de reunirlo todo", dice el coautor principal Alex Pico, PhD, director interino de Gladstone Bioinformatics Core.
Para resolver este problema, los investigadores convirtieron WikiPathways, una base de conocimiento de código abierto de rutas biológicas, en un formato enlazable moderno. Aplicaron enfoques de ontología y web semántica para simplificar enormemente la integración de los datos contenidos en WikiPathways con otras bases de conocimiento.Esto permitió a los científicos combinar información de WikiPathways con otras dos bases de datos, DisGeNET y el EBI Expression Atlas, que contienen información sobre la relación entre genes y enfermedades, y la expresión de genes en diferentes condiciones, respectivamente. La integración de estos recursos dacientíficos una mayor comprensión de los procesos biológicos detrás de enfermedades como diabetes mellitus y asma.
Los autores también trabajaron con Open PHACTS Foundation, el resultado de un proyecto financiado por la European Innovative Medicines Initiative destinado a facilitar el descubrimiento de fármacos. Nick Lynch, de Open PHACTS, dice: "El veinticinco por ciento de las solicitudes actuales a nuestro programaLa base de datos incluye información de WikiPathways. Por lo tanto, poder integrar datos de diferentes vías agrega información valiosa y complementaria a nuestros servicios en apoyo del descubrimiento de fármacos ".
"Existe un enorme potencial para que esta tecnología estimule nuevas conexiones y fomente nuevas colaboraciones", agrega el coautor principal, el Prof. Chris Evelo, PhD, director del Departamento de Bioinformática BiGCaT de la Universidad de Maastricht.
WikiPathways es una base de datos abierta basada en wiki y curada por la comunidad que se inició en 2008, iniciada por una colaboración entre la Universidad de Maastricht y los Institutos Gladstone. Se utiliza con frecuencia para analizar estudios de alto rendimiento relacionados con la expresión génica y el metabolismo. TodosEl conocimiento recopilado en esta base de datos es compatible con European Open Science Cloud. WikiPathways colabora con proyectos externos, como WormBase, a través de portales de investigación, y ha sido citado más de 600 veces.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por PLOS . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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